[发明专利]选择适配体的方法

权利要求书

1.用于鉴定针对至少一个靶分子的一个或多个适配体的方法，所述方法包括：

a)用至少一个靶分子接触候选聚合物序列的汇集物；

b)从已特异性结合至靶分子的那些序列中区分出未结合序列；

c)离解序列-靶物复合物，以获得富含配体的序列混合物；

d)为步骤c)中获得的每个序列分配该序列的适配体潜力的量度(适合性函数)；

e)使用步骤d)的量度以确定所述富含配体的混合物的适配潜力；

f)使用步骤e)中获得的信息，允许步骤c)中获得的一些或全部序列发生进化，以产生序列的新混合物；和

g)用新产生的候选适配体汇集物重复步骤a)至f)，直至候选物汇集物的合计适配潜力达到平台，其中最终汇集物中存在的序列是所述至少一个靶分子的最优适配体。

2.根据权利要求1的方法，其中所述至少一个靶分子是蛋白质。

3.根据权利要求2的方法，其中所述至少一个靶分子是单个分离的蛋白。

4.根据权利要求1、权利要求2或权利要求3的方法，其中所述一个或每个靶分子的身份已知。

5.根据权利要求2或权利要求4的方法，其中在蛋白质混合物中研究多个蛋白质。

6.根据权利要求5的方法，其中所述至少一个蛋白质是存在于蛋白质混合物中的已知蛋白质。

7.根据权利要求5或权利要求6的方法，其中所述蛋白质混合物源自生物样品。

8.根据权利要求7的方法，其中所述生物样品是体液。

9.根据权利要求8的方法，其中所述体液是血液或者来自血液。

10.根据权利要求9的方法，其中所述体液是血清或血浆。

11.根据权利要求1至10中任一项的方法，其中所述聚合物序列是多核苷酸。

12.根据权利要求11的方法，其中所述多核苷酸序列是DNA、RNA、PNA(肽核酸)，或者它们的变体或组合。

13.根据权利要求1至12中任一项的方法，其中所述聚合物为30聚物-60聚物。

14.根据权利要求13的方法，其中所述聚合物为40聚物。

15.根据权利要求1至14中任一项的方法，其中通过将富含配体的混合物中候选序列定量而测量适配潜力。

16.根据权利要求15的方法，其中通过对每个候选序列的至少部分测序而进行定量。

17.根据权利要求16的方法，其中在单分子阵列或克隆性单分子阵列上进行测序。

18.根据权利要求1至17中任一项的方法，所述方法进一步包括将所述富含配体的混合物中的序列在步骤d)前排布在表面上。

19.根据权利要求18的方法，其中所述方法进一步包括扩增已排布的序列。

20.根据权利要求1至19中任一项的方法，其中所述适配潜力的量度进一步包括一个或多个测量的、计算的或生物信息学的性质。

21.根据权利要求20的方法，其中所述生物信息学的性质包括二级结构预测、三级结构预测、自相似性、信息复杂度、与已知适配体序列的相似性、序列基序或它们的组合。

22.根据权利要求1至21中任一项的方法，其中将在与研究中的候选序列群体比较时具有统计学显著性的适配潜力的富含配体序列从步骤d)和e)推进到步骤f)。

23.根据权利要求1至21中任一项的方法，其中将具有落入平均或较高百分位范围内的适配潜力的富含配体序列从步骤d)和e)推进到步骤f)。

24.根据权利要求1至23中任一项的方法，其中从候选汇集物去除具有统计学不显著的适配潜力的富含配体序列。

25.根据权利要求1至24中任一项的方法，其中从候选汇集物洗脱并弃去非结合的候选序列。

26.根据权利要求1至25中任一项的方法，其中所述方法进一步包括从候选汇集物去除数量占优的序列。