[发明专利]一种荧光标记的X-STR基因座复合PCR方法及其应用

说明书

技术领域

    本发明涉及检测人体基因组中具有多态性的遗传标记，尤其涉及一种通过复合扩增12个STR基因座来进行的荧光标记X-STR基因座复合PCR方法及其应用。 

背景技术

短串联重复序列（short tandem repeat，简称STR）是由2-7个碱基对作为核心单位，串联重复形成的一类微卫星DNA序列，其片段可采用PCR技术扩增。STR主要由于核心重复单位数目的变化形成了STR基因座的遗传多态性，其等位基因可用银染、荧光标记和放射自显影等技术分型。人类基因组中，平均每6-10kb就存在有一个STR基因座，为法医个人识别和亲子鉴定提供了高信息基因遗传标记的丰富来源。 

X染色体STR（X chromosomal short tandem repeat，X-STR）基因座由于其在不同性别个体存在形式的差异及其X染色体连锁遗传方式的特点，具有一些常染色体遗传标记无法比拟的优点，其中最有价值之处体现在一些疑难的亲权鉴定案，比如：双亲缺乏的同父异母姐妹关系鉴定、祖母-孙女关系鉴定、可疑父之间疑为父子的乱伦关系鉴定、常染色体STR检验出现突变的父女（母子）关系鉴定等。此外，X-STR分型也可作为个体识别中性别鉴定的辅助指标，以及混合样本的判定。X-STR分型还可用于X染色体数目畸形的诊断，也能用于检测X连锁遗传病、X染色体失活的亲源性鉴定等。 

与目前多种常染色体STR试剂盒可供选择的情况相比，目前关于X-STR分型的商品化的试剂盒仅见德国Biotype公司和QIAGEN公司的Mentype? Argus X-8、Mentype? Argus X-UL和Investigator? Argus X-12等三种，三种试剂盒总共仅能对十二个X-STR基因座进行分型检测，可被检测的X -STR基因座数目少，不能满足鉴定的需要。此外，越来越多的研究显示不同地区、不同民族STR遗传会显示出遗传异质性，具有独立群体的特征。这三个试剂盒中的某些基因座在中国群体多态性较低，其他实验室以及本发明人实验室的实验数据均已显示这三个试剂盒中的基因座在中国汉族人群中并不存在明显的连锁不平衡，因此该试剂盒的4个单倍型不能用于汉族人群的亲子鉴定和个人识别。同时国外试剂盒价格昂贵，且购买不便（订货后通常需要3至4周方可到货），限制了其广泛应用。 

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种适合中国人群的，可以快速、方便地针对常染色体STR、Y-STR难以排除或认定亲权关系的特殊检案（突变、全同胞或同父异母半同胞姐妹认亲、祖孙隔代认亲等）进行鉴定的荧光标记的X-STR基因座复合PCR方法。 

本发明的另一个目的在于提供上述复合PCR方法在检测X连锁遗传病、X染色体失活的亲源性鉴定中的应用。 

本发明的上述目的是通过如下方案予以实现的： 

本发明公开了一种荧光标记的X-STR基因座复合PCR方法，该复合PCR方法分析12个基因座：GATA172D05、DXS6789、DXS10074、DXS10078、GATA165B12、DXS6797、DXS6803、DXS6804、GATA31E08、DXS7130、DXS9895和DXS6810。

上述12个基因座是在一个复合扩增体系中同时扩增。 

上述12个基因座引物分别用FAM、HEX、TAMRA、ROX四种荧光素标记。 

FAM标记GATA172D05、DXS6789和DXS10074，HEX标记DXS10078、GATA165B12和DXS6797，TAMRA标记DXS6803、DXS6804和GATA31E08，ROX标记DXS7130、DXS9895和DXS6810。 

本发明提供的复合PCR方法对X-STR基因座进行PCR扩增的同步进行电泳检测；检测体系为多重荧光聚合酶链反应结合毛细管阵列电泳。 

本发明对上述12个X-STR基因座进行了研究，表明这12个基因座在中国人群中有高度的遗传多态性和稳定性，而且分型明确。 

本发明复合PCR方法中12个基因座的选择：