[发明专利]用于鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物及其应用

权利要求书

1.辅助鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物，由RM335引物对、RM5引物对、RM81a引物对、RM42引物对、RM255引物对、RM134引物对、RM223引物对、RM253引物对和RM258引物对组成；

所述RM335引物对为序列表的序列1所示DNA和序列表的序列2所示DNA组成的引物对；所述RM5引物对为序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成的引物对；所述RM81a引物对为序列表的序列5所示DNA和序列表的序列6所示DNA组成的引物对；所述RM42引物对为序列表的序列7所示DNA和序列表的序列8所示DNA组成的引物对；所述RM255引物对为序列表的序列9所示DNA和序列表的序列10所示DNA组成的引物对；所述RM134引物对为序列表的序列11所示DNA和序列表的序列12所示DNA组成的引物对；所述RM223引物对为序列表的序列13所示DNA和序列表的序列14所示DNA组成的引物对；所述RM253引物对为序列表的序列15所示DNA和序列表的序列16所示DNA组成的引物对；所述RM258引物对为序列表的序列17所示DNA和序列表的序列18所示DNA组成的引物对。

2.如权利要求1所述引物组合物，其特征在于：所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

3.权利要求1所述引物组合物在辅助鉴别水稻粳亚种生态型中的应用。

4.如权利要求3所述的应用，其特征在于：所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

5.权利要求1所述的引物组合物在制备辅助鉴别水稻粳亚种生态型的试剂盒中的应用。

6.如权利要求5所述的应用，其特征在于：所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

7.一种辅助鉴别水稻粳亚种生态型的试剂盒，含有权利要求1所述的引物组合物。

8.如权利要求7所述的试剂盒，其特征在于：所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

9.一种应用权利要求1所述引物组合物辅助鉴别水稻粳亚种生态型的方法，包括如下步骤：

(1)以待测水稻的基因组DNA为模板，分别用所述RM335引物对、所述RM5引物对、所述RM81a引物对、所述RM42引物对、所述RM255引物对、所述RM134引物对、所述RM223引物对、所述RM253引物对和所述RM258引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

(2)检测采用各个所述引物对得到的所述PCR扩增产物，按照如下标准进行赋值：

采用所述RM335引物对，如果得到115bp的PCR扩增产物、RM335_115＝1，如果没有得到115bp的PCR扩增产物、RM335_115＝0；

采用所述RM5引物对，如果得到114bp的PCR扩增产物、RM5_114＝1，如果没有得到114bp的PCR扩增产物、RM5_114＝0；

采用所述RM81a引物对，如果得到116bp的PCR扩增产物、RM81a_116＝1，如果没有得到116bp的PCR扩增产物、RM81a_116＝0；

采用所述RM42引物对，如果得到165bp的PCR扩增产物、RM42_165＝1，如果没有得到165bp的PCR扩增产物、RM42_165＝0；

采用所述RM255引物对，如果得到150bp的PCR扩增产物、RM255_150＝1，如果没有得到150bp的PCR扩增产物、RM255_150＝0；

采用所述RM134引物对，如果得到85bp的PCR扩增产物、RM134_85＝1，如果没有得到85bp的PCR扩增产物、RM134_85＝0；

采用所述RM223引物对，如果得到155bp的PCR扩增产物、RM223_155＝1，如果没有得到155bp的PCR扩增产物、RM223_155＝0；

采用所述RM253引物对，如果得到140bp的PCR扩增产物、RM253_140＝1，如果没有得到140bp的PCR扩增产物、RM253_140＝0；

采用所述RM258引物对，如果得到127bp或130bp的PCR扩增产物、RM258_127/130＝1，如果没有得到127bp且没有得到130bp的PCR扩增产物、RM258_127/130＝0；

(3)将步骤(2)得到的各个赋值代入如下判别式：

a＝(0.93*RM335_115+0.87*RM5_114+0.84*RM81a_116)/(0.93+0.87+0.84)；

b＝(0.99*RM223_155+0.82*RM253_140+0.99*RM258_127/130)/(0.99+0.82+0.99)；

c＝(0.84*RM42_165+0.89*RM255_150+0.85*RM134_85)/(0.84+0.89+0.85)；

如果a＞b且a＞c，所述待测水稻为候选的水粳生态型；

如果b＞a且b＞c，所述待测水稻为候选的中间型生态型；

如果c＞a且c＞b，所述待测水稻为候选的陆粳生态型；

所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于：采用所述RM335引物对进行所述PCR扩增的退火温度为52℃；采用所述RM5引物对进行所述PCR扩增的退火温度为48℃；采用所述RM81a引物对进行所述PCR扩增的退火温度为50℃；采用所述RM42引物对进行所述PCR扩增的退火温度为50℃；采用所述RM255引物对进行所述PCR扩增的退火温度为48℃；采用所述RM134引物对进行所述PCR扩增的退火温度为58℃；采用所述RM223引物对进行所述PCR扩增的退火温度为50℃；采用所述RM253引物对进行所述PCR扩增的退火温度为48℃；采用所述RM258引物对进行所述PCR扩增的退火温度为48℃。