[发明专利]用于鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物及其应用。

背景技术

栽培稻的分类一直受到各国科学家的高度重视，国内外学者相继提出了多种分类体系。籼、粳是亚洲栽培稻遗传分化的主流，已有了比较一致的认识。每个亚种内的遗传分化及分类却一直没有一致的意见。

进入20世纪80年代以来，我国杂交稻产量徘徊不前，其中最主要的原因是亲本的遗传基础狭窄，而拓宽杂交稻亲本间的遗传差异，可以在一定程度上提高组合的优势强度。然而，根据不同地区的生态条件所划分的生态类型无法有效反映亲本间的遗传差异，对杂种优势的预测效果不理想。另外，水稻中籼、粳亚种间杂种优势的利用已得到广泛的关注，但是，由于存在F1代半不育等诸多问题，亚种间杂种优势一直难以直接利用，亚种内不同生态类型间的杂种优势利用已成为育种家的共识。但是，有关合理、可行的亚种内生态型的划分研究较少。

亚种内不同生态型间杂种优势的利用已成为杂交稻进入更高发展阶段，开展超高产育种的一个主要方向。要进行粳稻亚种内不同生态型间杂种优势的超高产育种，首先要正确判别能够反映品种间遗传差异的生态型。然而，大量育成品种由于广泛杂交而具有复杂的血缘，对这些品种的分类是栽培稻分类的新任务。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物及其应用。

本发明提供的辅助鉴别水稻粳亚种生态型的引物组合物，由RM335引物对、RM5引物对、RM81a引物对、RM42引物对、RM255引物对、RM134引物对、RM223引物对、RM253引物对和RM258引物对组成；

所述RM335引物对为序列表的序列1所示DNA(上游引物)和序列表的序列2所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM5引物对为序列表的序列3所示DNA(上游引物)和序列表的序列4所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM81a引物对为序列表的序列5所示DNA(上游引物)和序列表的序列6所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM42引物对为序列表的序列7所示DNA(上游引物)和序列表的序列8所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM255引物对为序列表的序列9所示DNA(上游引物)和序列表的序列10所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM134引物对为序列表的序列11所示DNA(上游引物)和序列表的序列12所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM223引物对为序列表的序列13所示DNA(上游引物)和序列表的序列14所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM253引物对为序列表的序列15所示DNA(上游引物)和序列表的序列16所示DNA(下游引物)组成的引物对；所述RM258引物对为序列表的序列17所示DNA(上游引物)和序列表的序列18所示DNA(下游引物)组成的引物对。

所述水稻粳亚种生态型可为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

所述引物组合物中的每条引物在合成时，可以引入各种标记，如荧光标记。

所述的引物组合物可用于辅助鉴别水稻粳亚种生态型。所述水稻粳亚种生态型可为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

所述的引物组合物可用于制备辅助鉴别水稻粳亚种生态型的试剂盒。所述水稻粳亚种生态型可为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。

本发明还保护一种辅助鉴别水稻粳亚种生态型的试剂盒，含有所述引物组合物。所述水稻粳亚种生态型可为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型。所述试剂盒中，还可包括用于提取基因组DNA的试剂和/或用于PCR扩增的试剂。所述试剂盒中的各个组分可为液体，也可为冻干粉。

本发明还保护一种应用所述引物组合物辅助鉴别水稻粳亚种生态型的方法，所述水稻粳亚种生态型为水粳生态型、中间型生态型或陆粳生态型，所述方法包括如下步骤：

(1)以待测水稻的基因组DNA为模板，分别用所述RM335引物对、所述RM5引物对、所述RM81a引物对、所述RM42引物对、所述RM255引物对、所述RM134引物对、所述RM223引物对、所述RM253引物对和所述RM258引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

(2)检测采用各个所述引物对得到的所述PCR扩增产物，按照如下标准进行赋值：

采用所述RM335引物对，如果得到115bp的PCR扩增产物RM335_115＝1，如果没有得到115bp的PCR扩增产物RM335_115＝0；