[发明专利]一种分析基因表达定量的方法

权利要求书

1.一种分析基因表达定量的方法，其特征在于，包括：

（1）从总RNA中纯化mRNA，制备片段化mRNA；

（2）将所述片段化mRNA逆转录制备得到cDNA，将所述cDNA纯化后制备为平末端DNA，纯化所述平末端DNA；

（3）将所述平末端DNA片段制备得到末端加“A”碱基的DNA片段；

（4）在所述末端加“A”碱基的DNA片段两端加接头序列，得到两端加接头序列的DNA片段并进行纯化，对所述两端加接头序列的DNA片段进行PCR反应，纯化PCR反应产物；

（5）对所述PCR反应产物测序；

（6）将所述测序得到的数据过滤不合格序列得到干净序列，利用短序列映射程序将所述干净序列与参考序列比对，对所述比对结果进行分析。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的总RNA的选取量为0.1μg～2μg。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，使用Oligo（dT）₂₅磁珠从总RNA中纯化mRNA。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，使用Ampure XP磁珠纯化所述cDNA、两端加接头的DNA片段、PCR反应产物。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在对所述PCR反应产物测序前还包括步骤：采用Agilent Bioanalyzer 2100和Q-PCR检测DNA浓度及DNA片段大小。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序使用高通量测序技术。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述不合格序列包括：测序质量低于预定阈值的碱基个数超过整条序列碱基个数的50%的序列，序列中测序结果不确定的碱基个数超过整条序列碱基个数的10%的序列；除样本接头序列外引入的外源序列。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述干净序列与参考序列比对的短序列映射程序选用SOAPaligner/soap2。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，对比结果所进行的生物信息分析包括：高通量测序的质量评估、基因表达量的统计、差异表达基因筛选、实验重复性分析、差异基因表达模式聚类分析、Gene Ontology功能显著性富集分析、通路显著性富集分析、蛋白相互作用网络分析。