[发明专利]一种判定中国人群TNIP1单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮的关联性的方法

说明书

技术领域

本发明涉及基因工程领域，具体涉及判定中国人群TNIP1单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮的关联性的方法。 

背景技术

    系统性红斑狼疮（SLE）是一种累及身体多系统多器官的复杂免疫系统疾病。遗传和环境因素共同影响SLE的发生发展过程。随着全基因组关联分析（GWAS）的兴起，现已发现一系列SLE相关基因，如MHC、BLK、ITGAM、STAT4、IRF5、BANK1及ETS1等。尽管如此，SLE发病机理仍不是很清楚。在这些候选基因中，TNF诱导蛋白3（TNFAIP3）结合蛋白1（TNIP1）的基因多态性与诸多自身免疫系统疾病（如SLE、银屑病等）的发病率显著相关。TNIP1作为NF-kB的负调节因子，在免疫系统稳态维持中扮演十分重要的角色。TNIP1通过直接与TNFAIP3和IkB的g亚基相互作用和抑制NF-kB前体蛋白p105的剪切来负性调控NF-kB信号通路。 

Gateva等研究发现位于TNIP1内含子上（染色体位置为5q33.1）的SNP rs7708392（C/G）与欧洲人群SLE的发病率有明显相关性。但是这一关联在中国人群中是否存在尚不清楚。 

发明内容

本发明的目的在于根据现有技术中存在的不足，提供一种判定中国人群TNIP1单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮的关联性的方法。 

本发明上述目的通过以下技术方案予以实现： 

一个新的SNPrs79937737，它位于TNIP1基因的内含子区域，位于第5染色体第150437672核苷酸位置，其前端250个碱基序列如SEQ ID NO:6所示，其后端250个碱基序列如SEQ ID NO:7所示。

一种判定中国人群TNIP1单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮的关联性的方法，所述方法是非标记探针高分辨率溶解曲线法，所述SNP为SNPrs7708392和SNPrs79937737。 

作为更进一步的优选方案，上述方法包括如下步骤： 

（1）基因分型：取外周血基因组DNA，鉴定其基因型；

（2）统计学分析：采用卡平方检验或Fisher精确检验比较次要等位基因频率来分析SNP是否与疾病相关以及所采集的样本是否符合Hardy-Weinberg平衡，用OR值及95%置信区间的方式表示SNP与疾病之间的关联程度，用SHEsis软件进行连锁不平衡及单倍型分析，P值小于0.05认为是有统计学意义；

（3）统计分析显示，SNPs rs7708392和rs79937737的基因型频在SLE病例组和正常对照组中都符合Hardy–Weinberg平衡，但这两个位点的基因型频率和等位基因频率在SLE病例组和正常组中并没有显著性差异，单倍型分析显示SNPs rs7708392与rs79937737并不处于连锁不平衡状态，这两个SNP所产生的单倍型在SLE病例组和正常组中也都没有显著性差异。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果： 

本发明是采用非标记探针高分辨率溶解曲线法检测位于TNIP1内含子上的SNPrs7708392的基因型，检测结果显示，新发现位于rs7708392上游5bp处尚未报道的SNPrs79937737，而且SNPrs7708392和SNPrs79937737与中国人SLE发病率都不相关。

附图说明

    图1是用总探针进行非标记探针高分辨率溶解曲线法分析样本的基因型。（A）探针区和非探针区的熔融曲线图；（B）标准化后的溶解曲线图显示六种基因型；（C）标准化后的差异曲线图显示六种基因型； 

图2是对探针去基因序列进行测序的结果，显示两个位点存在突变；

图3是引物及总探针、子探针的序列及位置；

图4是用子探针进行非标记探针高分辨率溶解曲线法分析样本的基因型，其中（B）用子探针1进行分析时的探针区和非探针区的熔融曲线图；（C）用子探针1进行分析时的标准化后的溶解曲线图；（D）用子探针1进行分析时的标准化后的差异曲线图；

图5是用子探针进行非标记探针高分辨率溶解曲线法分析样本的基因型，其中（E）用子探针2进行分析时的探针区和非探针区的熔融曲线图；（F）用子探针2进行分析时的标准化后的溶解曲线图；（G）用子探针2进行分析时的标准化后的差异曲线图。

具体实施方式

以下结合实施例来进一步解释本发明，但实施例并不对本发明做任何形式的限定。 

实施例

研究人群