[发明专利]基于单碱基延伸反应进行基因多态性检测的方法

说明书

技术领域

本发明属于基因多态性检测技术领域，具体涉及一种基于单碱基延伸反应进行基因多态性检测的方法。

背景技术

国际人类基因组计划(HGP)完成之后，科学家在破译人类基因组的过程中发现，任何两个不同个体的基因组序列都有约0.1％的差异。这种基因序列差异被称为基因多态性，其中最普遍的是单个核苷酸的差异，即单核苷酸多态性(SNP)，占所有已知多态性的90％以上【Lander ES，Linton LM，Birren B，et al.Initial sequencing and analysis of the human genome.Nature 2001，409(6822)：860-921.】。基因多态性决定了不同人种和群体的差异，以及不同人群疾病易感性和药物治疗敏感性的差异。因此，基因多态性尤其是SNP可成为疾病发生和药物反应相关基因，进行疾病预防、诊断和临床用药指导的基础【Brown PO，Hartwell L.Genomics and human disease--variations on variation.Nat Genet 1998，18(2)：91-93.】。

通常，SNP是一种双等位基因，即在该位置上存在两种不同的碱基。因此，对已知SNP位点的检测就是进行两种不同类型碱基的确认分析，而无须对DNA片段进行全序列测定。目前，已经发展了多种检测SNP的方法，这些检测方法主要包括两个部分，即检测原理和检测平台。检测原理主要包括引物延伸反应、内切酶酶切反应、连接酶酶连反应、构象和杂交；而检测平台主要有电泳、高效液相色谱、荧光、芯片和质谱分析等【汪维鹏，倪坤仪，周国华.单核苷酸多态性检测方法的研究进展.遗传，2006，28(1)：117-126.】。

这些技术虽然在某种程度上能完成对SNP的检测，但应用上还存在很多不足，有些检测过程繁琐，需要多步反应，费时费力，如限制性片段长度多态性(RFLP)分析【Cohen JB，Levinson AD.A point mutation in the last intron responsible for increased expression and transforming activity of the c-Ha-ras oncogene.Nature 1988，334(6178)：119-124.】；有些技术需要多种昂贵的试剂，如焦测序技术【Ronaghi M，Uhlen M，Nyren P.A sequencing method based on real-time pyrophosphate.Science 1998，281(5375)：363，365.】；有些技术设计复杂，如引物入侵技术【Lyamichev V，Mast AL，Hall JG，et al.Polymorphism identification and quantitative detection of genomic DNA by invasive cleavage of oligonucleotide probes.Nat Biotechnol 1999，17(3)：292-296.】；有些技术对反应条件要求很高，难于控制，容易出现非特异性反应产物，如等位基因特异性扩增(ASA)【Sommer SS，Groszbach AR，Bottema CD.PCR amplification of specific alleles (PASA)is a general method for rapidly detecting known single-base changes.Biotechniques 1992，12(1)：82-87.】和等位基因特异性杂交(ASO)等【Tsuji S，Martin BM，Barranger JA，et al.Genetic heterogeneity in type 1 Gaucher disease：multiple genotypes in Ashkenazic and non-Ashkenazic individuals.Proc Natl Acad Sci U S A 1988，85(7)：2349-2352.】；还有些技术需要对核苷酸进行荧光、同位素或酶标记，这就需要采用相应的检测平台进行检测，使得检测成本大大提高，如TaqMan探针技术【Livak KJ，Marmaro J，Todd JA.Towards fully automated genome-wide polymorphism screening.Nat Genet 1995，9(4)：341-342.】和SNP芯片技术【Fan JB，Chen X，Halushka MK，et al.Parallel genotyping of human SNPs using generic high-density oligonucleotide tag arrays.Genome Res 2000，10(6)：853-860.】等。