[发明专利]人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽的亲和力预测及分析方法

权利要求书

1.人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽的亲和力预测及分析方法，其特征在于，包含如下步骤：

a．氨基酸理化性质归类得分的建立

选取氨基酸的电性性质参数、立体性质参数、疏水性质参数和氢键性质参数，采用主成分分析方法，获得足以表征氨基酸电性性质、立体性质、疏水性质和氢键性质的主成分，计算每个主成分得分矢量，将其定义为氨基酸理化性质归类得分；

b．肽序列结构的参数化描述

选择已知亲和力大小的人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽，应用步骤a建立的氨基酸理化性质归类得分对肽序列中的每个氨基酸残基进行表征，获得组成肽的所有氨基酸残基的理化性质归类得分，作为肽序列结构参数；

c．与亲和力最为密切相关的特征参数的选取

采用遗传算法从步骤b所得的肽序列结构参数中挑选出与亲和力最为密切相关的特征参数；

d．亲和力预测及分析模型的建立

采用高斯过程方法建立步骤c所得特征参数与亲和力的关系模型即亲和力预测及分析模型；

e．肽的亲和力预测及分析

通过对步骤d建立的亲和力预测及分析模型的超参数进行分析，获得影响肽亲和力的结构因素；针对未知亲和力大小的肽，根据其氨基酸序列计算出步骤c选出的特征参数的具体数值，再输入步骤d建立的亲和力预测及分析模型中进行计算，即得到肽与人类1型双载蛋白Src同源结构域3的亲和力值。

2.根据权利要求1所述的人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽的亲和力预测及分析方法，其特征在于，步骤a中所述电性性质参数包括净电荷、分子极性、区域电子效应和极化率；所述立体性质参数包括标准范德瓦耳斯体积、分子尺度、侧链体积、图形指数和柔性参数；所述疏水性质参数包括溶剂化自由能、分配系数、色谱保留指数、疏水矩和溶剂可及面积；所述氢键性质参数包括氢键给受体数目和氢键贡献因子。

3.根据权利要求1所述的人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽的亲和力预测及分析方法，其特征在于，步骤c中所述遗传算法参数设置如下：初始种群大小为200，收敛标准为100代循环，变异度为1%，目标函数用留一法交叉验证。

4.根据权利要求1所述的人类1型双载蛋白Src同源结构域3结合肽的亲和力预测及分析方法，其特征在于，步骤d是将肽对人类1型双载蛋白Src同源结构域3的亲和力指标BLU转换为对数形式logBLU，再以logBLU作为模型的因变量，使用高斯过程方法建立特征参数与该因变量之间的线性/非线性杂化回归模型，以留一法交叉验证和测试集外部预测验证模型的预测能力。