[发明专利]鉴定长穗偃麦草E组染色体的TRAP-SCAR252标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于长穗偃麦草E组染色体鉴定的技术领域，涉及一种鉴定长穗偃麦草E组染色体的TRAP-SCAR₂₅₂标记及其应用。

背景技术

小麦是世界上重要的粮食作物之一。在中国它是仅次于水稻的第二大农作物，小麦生产对国民经济发展有着十分重要的战略意义。由于小麦栽培品种单一化，使其遗传基础日益狭窄，抗源匮乏，极大地限制了其产量和品质的进一步改良。小麦的近缘物种中存在着大量的遗传变异，是小麦改良可以利用的有益基因资源，将这些有益基因导入小麦一直是遗传学家和育种学家经久不衰的研究课题。偃麦草属是小麦的一个近缘种属，它具有普通小麦缺少的许多优良性状，如分蘖能力强，根系发达，抗寒、抗旱、耐瘠薄、耐盐碱力强，多花、大穗、多实，籽粒蛋白含量高以及优良的烘烤品质，抗多种病害能力强，对小麦条锈病、叶锈病、杆锈病、白粉病、黄矮病、条纹花叶病及腥黑穗病高抗至免疫，是小麦遗传育种的重要亲本之一。长穗偃麦草(Agropyron elongatum)是小麦的一个重要近缘种，具有蛋白质含量高、抗多种真菌和病毒病害、耐旱、耐寒、大穗多花等优异性状，是在小麦品种改良中应用最广泛的野生种之一。

在自然界，长穗偃麦草有二倍体、四倍体和十倍体3种倍性类型。其中二倍体长穗偃麦草(Thinopyrum elongatum)E组染色体是组成偃麦草属(Elytrigia)多倍体物种的基本染色体组，携带有对小麦遗传育种有益的基因，但对于四倍体和十倍体类型的染色体组构成，一直没有一致的结论。

通过远缘杂交及染色体工程的方法从普通小麦野生近缘种属转移优良基因的方法已被实践证明是一条卓有成效的途径。目前，国外从长穗偃麦草中成功转移了Sr24(3DL)，Sr26(6AL)，Sr25(7DL，7AL)，Lr19，Lr24等基因。国内从小麦与长穗偃麦草杂种后代中育成了小偃4号、5号、6号、小偃107等小麦品种。

通过杂交和渐渗的方式是将外源染色体的优良性状和优异基因导入小麦的一种有效的方法，但是，在重组的小麦中，源于小麦-长穗偃麦草杂交后代的外源E组染色质或染色体的检测成为至关重要的问题，虽然通过农学上的重要特性以及生化分析已将有价值的基因绘图在长穗偃麦草染色体上，但这些实验的检测手段是不稳定的，而且不适合进行重要的农学性状的检测。有一些遗传学手段，如染色体分带、原位杂交等技术，已经将其用于小麦遗传背景下外源遗传物质的检测，但这些技术费时、费力，对技术的要求也很高，而且用这些实验手段进行大规模的后代快速筛选依然存在一定的局限。所以，迫切要求开发一种可以在小麦遗传背景下快速、准确、大规模的鉴定长穗偃麦草外源染色质或染色体的分子标记技术。

靶位区域扩增多态性(TRAP)是一种新型的基于PCR的分子标记，由美国农业部北方作物科学实验室Hu与Vick于2003年提出，它借助大规模测序技术产生的许多生物的大量序列信息，利用生物信息学工具和表达序列标签(expressed sequence tag，EST)数据库信息设计引物，对目标候选基因序列区进行扩增产生多态性分子标记，该标记技术已广泛应用于动植物的研究中，主要在种质资源的鉴定评价、遗传图谱的构建、绘制基因组转录图谱、重要的性状标记、比较基因组学、亲缘关系和遗传多样性等方面取得了进展。目前，该标记已经在水稻、大麦、小麦、菜豆、向日葵、甜菜等植物中得到成功应用。

发明内容

本发明解决的问题在于提供一种鉴定长穗偃麦草E组染色体特异TRAP-SCAR₂₅₂标记及其应用，为快速、准确地鉴定小麦遗传背景下的外源长穗偃麦草E组染色质或染色体奠定基础。

本发明是通过以下技术方案来实现：

一种鉴定长穗偃麦草E组染色体的标记基因，其核苷酸序列如SEQ.ID.NO.3或SEQ.ID.NO.6所示。

一种扩增SEQ.ID.NO.3所示的标记的引物对，其上、下游引物的核苷酸序列分别如SEQ.ID.NO.1、SEQ.ID.NO.2所示。

一种扩增SEQ.ID.NO.6所示的标记的引物对，其上、下游引物的核苷酸序列分别如SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5所示。

SEQ.ID.NO.6所示的序列作为SCAR标记应用于小麦遗传背景下的长穗偃麦草5E或6E染色体的鉴定或跟踪检测。

所述的应用是基于长穗偃麦草5E或6E染色体体系培育小麦品种的分子标记辅助育种。