[发明专利]对高等植物复杂基因组基因进行富集建库和SNP分析的方法

权利要求书

1.一种构建基因组富集基因区测序文库的方法，包括如下步骤：

1)用甲基化敏感酶对从一个或多个样本提取的基因组DNA进行酶切，获得DNA片段；

2)对所述DNA片段进行第一接头连接，获得具有第一接头的连接产物，其中在多个样本基因组DNA的情况下，每种样品的DNA片段连接的第一接头带有不同标签序列，并将连接第一接头后的连接产物混合；

3)对所述具有第一接头连接产物进行打断及片段回收，获得回收产物；

4)对所述回收产物进行末端修复，获得经过末端修复的DNA片段；

5)对所述经过末端修复的DNA片段的3′端加碱基A，获得具有粘性末端A的DNA片段；

6)对所述具有粘性末端A的片段进行第二接头连接，获得具有第二接头的连接产物；

7)对所述具有第二接头连接产物进行PCR扩增，获得扩增产物，所述扩增产物构成所述基因组富集基因区测序文库；

其中，

任选地，步骤1)中的甲基化敏感酶为HpaII、AclI和HpvCH4IV的至少一种；

任选地，步骤1)中的样本来源于高等植物，优选所述样本来源于基因组中含重复序列大于等于80％的高等植物。

2.权利要求1的方法，其中步骤1)中提取的基因组DNA量大于等于1.0μg，优选所述基因组DNA量大于等于1.5μg。

3.权利要求1或2的方法，其中步骤2)中的第一接头是双链结构，所述双链序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。

4.权利要求1或2的方法，其中步骤2)中的标签序列长度为2-10nt。

5.权利要求1或2的方法，其中步骤3)中回收片段的大小为300-700bp；

任选地，所述回收片段的大小为300-500bp；

任选地，所述回收的片段大小为500-700bp。

6.权利要求1或2的方法，其中步骤6)中的第二接头是双链结构，所述双链序列为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4。

7.权利要求1或2的方法，其中步骤7)中的酶切时间为1.0-2.0小时，优选为1.5小时。

8.权利要求1或2的方法，其中步骤7)中的PCR扩增的引物依照所述第一接头和/或第二接头设计，例如所述引物序列为SEQ ID NO.5和/或SEQ ID NO.6。

9.一种对基因组富集基因区进行SNP检测的方法，包括如下步骤：

1)对根据权利要求1-8任一项所述的方法构建的基因组富集基因区测序文库进行测序，获得测序序列；

2)将所述测序序列与参考序列做比对分析，寻找SNP；

其中，

任选地，步骤1)中测序选自在illumina solexa、ABI SOLiD和Roche 454中的任一测序平台上进行；

任选地，步骤2)中的参考序列为同物种的参考基因组或同物种测序所得的读段。