[发明专利]确定和确认样品中存在HPV的方法

权利要求书

1.提供了一种用于对样品中的靶核酸进行基因分型的方法，其包括：

(a)通过如下方法产生第一检测混合物，所述方法包括将所述样品的一部分与第一探针组接触，其中所述第一探针组包含对于靶核酸的第一基因型特异的核酸探针和对于靶核酸的第二基因型特异的核酸探针，但是不包含对于靶核酸的第三基因型特异的核酸探针；

(b)通过如下方法产生第二检测混合物，所述方法包括将所述样品的一部分与第二探针组接触，其中所述第二探针组包含对于靶核酸的第二基因型特异的核酸探针和对于靶核酸的第三基因型特异的核酸探针，但是不包含对于靶核酸的第一基因型特异的核酸探针；和

(c)在如下条件下处理第一和第二检测混合物，其中所述核酸探针与靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特异性地杂交；和

(d)检测所述核酸探针与靶核酸的杂交，其中：

(i)在第一检测混合物中杂交但在第二检测混合物中不杂交，指示所述样品包含靶核酸的第一基因型；

(ii)在第二检测混合物中杂交但在第一检测混合物中不杂交，指示所述样品包含靶核酸的第三基因型；和

(iii)在第一检测混合物和第二检测混合物中均杂交，指示所述样品包含靶核酸的第二基因型。

2.权利要求1的方法，其中所述靶核酸是HPV核酸，并且所述靶核酸的第一、第二和第三基因型选自下组：HPV2,HPV3,HPV6,HPV10,HPV11,HPV16,HPV18,HPV26,HPV27,HPV28,HPV29,HPV30,HPV31,HPV32,HPV33,HPV34,HPV35,HPV39,HPV42,HPV45,HPV51,HPV52,HPV53,HPV54,HPV56,HPV57,HPV58,HPV59,HPV64,HPV66,HPV67,HPV68,HPV69,HPV70,HPV73,HPV82,HPV84,HPV85,HPV86,HPV87和HPV94。

3.权利要求2的方法，其中所述靶核酸的第一、第二和第三基因型是HPV16,HPV18和HPV45。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中样品是保存在液基细胞学介质中的临床样品。

5.权利要求4的方法，其中所述液基细胞学介质选自下组：Preservcyt和SurePath。

6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述核酸探针的杂交形成DNA:RNA杂合体。

7.权利要求6的方法，其中DNA:RNA杂合体通过如下方法进行检测，所述方法包括将所述DNA:RNA杂合体与DNA:RNA特异性抗体接触。

8.权利要求1-7中任一项的方法，其中通过如下方法将所述靶核酸首先鉴定为是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括用能够扩增所述靶核酸的第一、第二和第三基因型中每一种的至少一部分的共有引物扩增所述靶核酸。

9.权利要求8的方法，其中所述靶核酸通过包括定量PCR的方法进行扩增。

10.权利要求1-9中任一项的方法，其中通过如下方法将所述靶核酸首先鉴定为是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括将共有探针与所述靶核酸杂交，其中该共有探针对于所述靶核酸的第一、第二和第三基因型的每一种是特异的。

11.权利要求10的方法，其中所述共有探针与第一、第二和/或第三HPV核酸的杂交产生DNA:RNA杂合体。

12.权利要求11的方法，其中DNA:RNA杂合体通过如下方法进行检测，所述方法包括将所述DNA:RNA杂合体与DNA:RNA特异性抗体接触。

13.权利要求6的方法，其中DNA:RNA杂合体通过如下方法进行检测，所述方法包括将所述DNA:RNA杂合体与DNA:RNA特异性抗体接触。

14.权利要求1的方法，包括：(1)对样品进行定量PCR反应以获得存在HR-HPV基因型的初始指示；(2)进行杂合体捕获测定法以确认对存在HR-HPV的确定；和(3)进行PS测试以对确定存在于所述样品中的HR-HPV进行基因分型。