[发明专利]确定和确认样品中存在HPV的方法

说明书

相关专利申请参考

本申请要求2010年1月29日提交的美国临时专利申请号61/299,729的优先权，所述文件通过提述以其整体并入本文。

发明领域

本公开涉及用于确定和确认样品中存在靶核酸并对靶核酸进行基因分型的方法和组合物。

背景

生物样品特别是临床样品的保存是必需的，以确保样品可以连续用于各种水平的分析。经常地，研究人员或医师希望对单一的样品进行多种测试，使得一个测试的结果可与其它的结果相关联。而且，当临床样品的获得是困难的、令人不舒服或者令人痛苦时，优选不对同一个受试者或患者进行多次采样。因此，需要使在某些测试中使用的样品量最少，从而使得可以对单一样品进行的测试的数目最多。

仅作为一个实例，宫颈样品通常在妇科检查过程中收集。当观察到这类样品中异常的细胞学检查结果时，通常有益于确定组织是否受到与宫颈癌有关的人乳头瘤病毒(HPV)的感染。用于HPV感染的最常用的测试通常只能区分高危和低危HPV感染，而不能区分高危或低危HPV的各个种。在一些情况下，确定HPV感染的具体基因型可能是有用的。

已经为HPV 16、18和45的特异性检测开发了digene HPV基因分型PS^TM测试(PS测试)，意图用作样品的反射基因分型测试，定量地确定含有高危人乳头瘤病毒(HR-HPV)。PS测试经常用于对通过digene hc2 HPV测试(HC2测试)鉴定的HR-HPV阳性样品进行基因分型，HC2测试在美国专利Nos.4,849,331;4,849,332;4,849,334;4,908,306;5,411,857;5,643,715;5,712,092;5,876,922;5,952,487;5,958,674;6,107,086;和5,981,173中描述，每篇文件通过提述并入本文。PS测试和HC2测试都基于杂合体捕获技术，其在许多参考文献例如美国专利Nos.4,732,847;4,865,980;和6,228,578B1中描述，每篇文件通过提述并入本文。已经证明PS测试与Specimen Transport Medium^TM(STM)介质和通用的液基细胞学(LBC)介质(PC)相容。然而，尚没有测试其与另一种常用的LBC介质的情况。此外，意图使用PS测试分别检测HPV基因型，这需要对于每种测试的基因型的每个患者样本的分离的等分试样。此外，一些样本可能在定量测试之后缺少足够的体积以对每个待评价基因型进行单独测试。因此，开发以减少的体积在SP样品中进行PS测试的材料和方法是有益的。

发明内容

本公开在各个方面和实施例中通过提供对样品中的靶核酸进行基因分型的方法致力于解决各种需求和问题。

在一个方面中，提供了用于对样品中的靶核酸进行基因分型的方法，包括：

(a)通过如下方法产生第一检测混合物，所述方法包括使样品的一部分与第一探针组接触，其中该第一探针组包括对于靶核酸的第一基因型特异的核酸探针和对于靶核酸的第二基因型特异的核酸探针，但是不包括对于靶核酸的第三基因型特异的核酸探针；

(b)通过如下方法产生第二检测混合物，所述方法包括使样品的一部分与第二探针组接触，其中该第二探针组包括对于靶核酸的第二基因型特异的核酸探针和对于靶核酸的第三基因型特异的核酸探针，但是不包括对于靶核酸的第一基因型特异的核酸探针；和

(c)在如下条件下处理第一和第二检测混合物，其中所述核酸探针与靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特异性地杂交；和

(d)检测核酸探针与靶核酸的杂交，其中：

(i)在第一检测混合物中杂交但在第二检测混合物中不杂交，指示所述样品包含靶核酸的第一基因型；

(ii)在第二检测混合物中杂交但在第一检测混合物中不杂交，指示所述样品包含靶核酸的第三基因型；和

(iii)在第一检测混合物和第二检测混合物中均杂交，指示所述样品包含靶核酸的第二基因型。

在一个方面中，靶核酸是HPV核酸。