[发明专利]在不同的宫颈病变中的HR-HPV的诊断转录物和剪接模式

说明书

本发明涉及在具有高危(HR)-HPV的受试者中区分HR-HPV感染的严重形式和HR-HPV感染的轻度形式的方法。另外涉及包含探针寡核苷酸混合物的组合物、与本发明的方法结合使用的装置和试剂盒。

子宫颈癌(CxCa)是全世界女性的第二最常见的恶性肿瘤，由高危的人乳头状瘤病毒造成，在所述病毒中，HPV16是最流行的类型。在发达国家，常规的细胞学筛选程序已经大幅降低了这类癌症的发病率。但是，这些细胞学筛选程序具有一些缺点。

宫颈刮片检查（Papanicolaou test）也经常称作巴氏试验（Pap test），是一种用于检测子宫颈的恶化前和恶性病变的诊断方法。就宫颈刮片检查而言，从宫颈获得样品，并通过光学显微术筛选指示恶性或恶化前细胞的细胞形态学变化。然后，根据观察到的病变的严重性，将样品分类。但是，通过宫颈细胞学进行诊断是一种主观方法，且性质取决于提供服务的实验室的标准。这样，病变分类仅仅是中等可再现的，且具有比阴道镜检查更差的灵敏度(Baldwin, P., R. Laskey,和N. Coleman. 2003. Translational approaches to improving cervical screening. Nat Rev Cancer 3:217-26)。此外，假阳性结果会导致大量患者被过度治疗。

在近二十年中，开发了多种新的HPV诊断试验。这些方法是基于病毒、分子和生化标志物（诸如HPV蛋白、DNA和RNA）的检测。

FDA批准的Hybrid Capture II试验系统(HC2) (以前的美国的Digene Corp.，现在的荷兰的Qiagen)被认为是在临床实践中检测HPV DNA的黄金标准，但是，它显示出几个缺点：a)没有进行基因分型，而是将HPV感染唯一地归于“低危”或“高危”组，b)不能鉴别多重感染，c)就HPV检测而言，不如基于PCR的方法敏感(Birner等人2001. Mod. Pathol. 14:702-709)，和d)就宫颈初癌和癌症风险的预测而言，是中等特异性的。它用于临床目的的一些非特异性可以归因于与非致癌的HPV基因型的交叉反应性(Castle, P. E., D. Solomon, C. M. Wheeler, P. E. Gravitt, S. Wacholder,和M. Schiffman. 2008. Human papillomavirus genotype specificity of hybrid capture 2. J Clin Microbiol 46:2595-604)。此外，它仅仅允许评估受试者是否被HPV感染。所述试验不允许评估HPV感染的严重性。因而，一旦已经诊断出HPV，需要进一步检查。