[发明专利]与囊性纤维化关联的突变

说明书

【技术领域】

本申请根据35 U.S.C.§119(e)要求在2010年3月22日提交的美国专利申请No.61/316,321和2010年6月28日提交的61/359,029的优先权。美国专利申请No.61/316,321和61/359,029的公开内容均通过引用整体并入本文。

【背景技术】

囊性纤维化（CF）是在高加索人群中最常见的严重的常染色体隐性遗传病症。其在北美洲影响大致每2,500个高加索人活产之1（Boatet al,The Metabolic Basis of Inherited Disease,6th ed,pp 2649-2680,McGraw Hill,NY(1989)）。疾病的发病率在非洲裔美国人，西班牙人和亚洲人个体中更低。约25个高加索人之1是疾病载体。负责的基因已定位到在第7染色体长臂上存在的250,000bp基因组序列。此序列编码膜-关联的蛋白称之为“囊性纤维化跨膜调节物”（或“CFTR”）。CFTR基因含有27个外显子及编码1480个氨基酸的蛋白。几个区认为在CFTR蛋白中具有功能重要性，包括用于ATP结合的2个区，称之为核苷酸结合折叠（NBF），具有多个被蛋白激酶A和C磷酸化的潜在位点的调控（R）区，及被认为与细胞膜相互作用的2个疏水区。

典型囊性纤维化的主要症状包括慢性肺部疾病，胰腺外分泌缺乏，雄性中输精管的先天性缺失及提升的汗电解质水平。症状与作为外分泌病症的CF一致。尽管已在离子穿过CF患者上皮顶膜细胞运输的分析中有了新近发展，仍不清楚氯化物通道的异常调节代表仅疾病中的缺陷。CFTR基因中的突变也与非典型CF和单症状性疾病诸如雄性中输精管的先天性缺失，特发性慢性胰腺炎和慢性鼻窦炎关联（Noone and Knowles,Respir.Res.,vol.2,p.328(2001);Southern,Respiration,vol.74,p.241(2007)）。知道各种CFTR基因突变。它们之一导致第1推定的NBF结构域之内苯丙氨酸残基508的缺失。此突变，称之为ΔF508，占高加索人患者中CFTR染色体的约70%，且与高加索人CF患者的染色体上发现的主要单体型高度关联（Kerem,etal.,Science,vol.245,p.1073(1989);Lemna,et al.,New Engl.J.Med.,vol.322,p.291(1990)）。但是，与无ΔF508的高加索人CF染色体关联的单体型也存在，尽管欠常见，确认在CF和CF相关的病症中存在等位基因异质性。

因此，有对在其他30%的高加索人CF患者中存在的其他CFTR突变等位基因，以及其他种族和人种群中发现的其他等位基因的更有效遗传筛选的需求。该等位基因的知识可用于设计用于筛选和/或测试的探针，以及作出其他筛选和/或测试方法。对于CFTR突变等位基因可利用的探针组越完全，诊断越精确。

【发明概述】

本发明提供与在CFTR基因中鉴定的新突变相关的方法，产品和系统，其可用于CF和CF相关的病症的更精确的诊断。

一方面，本发明提供用于测试CFTR基因中突变的方法，其包括测试从受试者获得的样品以测定CFTR基因或蛋白中选自表1，2，3或4的一个或更多突变的存在，其中一个或更多突变的存在指示受试者具有CF或CFTR相关的病症，处于发展CF或CF相关的病症的风险，或是CFTR突变的载体。在一些实施方式中，一个或更多突变选自表1，2或3。在一些实施方式中，一个或更多突变选自表1或2。在一些实施方式中，一个或更多突变选自表1。在一些实施方式中，选自表1，2，3或4的一个或更多突变是一组CFTR突变的部分。