[发明专利]用减少数量的转录物测量进行的基因表达概况分析

权利要求书

1. 一种使用亚转录物组数量的转录物测量来制备全转录物组mRNA表达概况分析平台的方法，所述方法包括：

a) 提供：

i) 来自第一生物样品集合的全转录物组mRNA表达数据的第一文库；

ii) 第二生物样品集合；

iii) 来自所述第二生物样品集合的全转录物组mRNA表达数据的第二文库；

iv) 能测量转录物表达水平的装置；

b) 对所述第一文库进行计算分析，使得建立多个转录物聚类，其中所述聚类的数量实质上小于所有转录物的总数；

c) 在所述多个转录物聚类的每一个内鉴定形心转录物，由此建立多个形心转录物，所述剩余转录物为非形心转录物；

d) 用所述装置测量来自所述第二生物样品集合的至少一部分转录物的表达水平，其中所述部分的转录物包括经鉴定为来自所述第一文库的所述形心转录物的转录物；

e) 确定所述形心转录物表达水平的所述测量用以推断来自所述第二文库的至少一部分转录物的水平的能力，其中所述部分由非形心转录物组成；

f) 选择其所述表达水平具有推断所述部分的非形心转录物水平的所述能力的所述形心转录物。

2. 权利要求1的方法，其中所述多个形心转录物为大约1000个形心转录物。

3. 权利要求1的方法，其中所述装置选自微阵列、珠阵列、液体阵列和核酸测序仪。

4. 权利要求1的方法，其中所述计算分析包括聚类分析。

5. 权利要求1的方法，其中所述方法还包括重复步骤c)至f)直到所述多个转录物聚类的每一个的经验证的形心转录物被鉴定。

6. 权利要求1的方法，其中所述多个转录物聚类是正交的。

7. 权利要求1的方法，其中所述多个转录物聚类为非重叠的。

8. 权利要求1的方法，其中所述确定包括所述形心转录物的所述表达水平与所述非形心转录物的所述表达水平之间的相关性。

9. 权利要求1的方法，其中实质上不变的转录物组的表达水平还用所述装置在所述第二生物样品集合中测量。

10. 权利要求9的方法，其中相对于实质上不变的转录物组的表达水平，对用所述装置进行的所述形心转录物的所述测量以及来自所述第一和第二文库的所述mRNA表达数据进行标准化。

11. 一种在转录物组内鉴定预测性转录物亚群的方法，所述方法包括：

a) 提供：

i) 来自第一生物样品集合的全转录物组mRNA表达数据的第一文库；

ii) 第二生物样品集合；

ii) 来自所述第二生物样品集合的全转录物组mRNA表达数据的第二文库；

iii) 能测量转录物表达水平的装置；

b) 对所述第一文库进行计算分析，使得建立多个转录物聚类，其中所述聚类的数量小于所述第一文库中所有转录物的总数；

c) 在所述转录物聚类的每一个内鉴定形心转录物，由此建立多个形心转录物，所述剩余转录物为非形心转录物；

d) 在所述装置上处理来自所述第二生物样品集合的转录物，以测量所述形心转录物的表达水平，和

e) 确定在所述装置上测量的所述多个形心转录物中预测全转录物组数据的所述第二文库中的所述非形心转录物水平的转录物。

12. 权利要求11的方法，其中所述多个形心转录物为大约1000个形心转录物。

13. 权利要求11的方法，其中所述装置选自微阵列、珠阵列、液体阵列和核酸测序仪。

14. 权利要求11的方法，其中所述计算分析包括聚类分析。

15. 权利要求11的方法，其中所述确定包括所述形心转录物与所述非形心转录物之间的相关性。

16. 权利要求11的方法，其中所述方法还包括重复步骤c)至e)。