[发明专利]天然延伸平行测序

权利要求书

1.一种对靶核酸进行测序的方法，其包括：

(a)提供多个基底，其中靶核酸固定至所述多个基底上；

(b)使所述多个基底上的所述靶核酸与测序引物杂交；

(c)用聚合酶和一种、两种或三种不同的核苷酸延伸所述多个基底中的至少一个；

(d)从所述引物或延伸的引物对所述靶核酸的一个或多个碱基进行测序；和

(e)基于所述测序组装靶核酸序列。

2.一种对多个靶核酸分子进行测序的方法，其包括：

(a)提供多个基底，其中所述靶核酸固定至所述多个基底上；

(b)使所述多个基底上的所述靶核酸与测序引物杂交；

(c)用聚合酶和一种、两种或三种不同的核苷酸延伸所述多个基底中的至少一个；

(d)从所述引物或延伸的引物对所述靶核酸的一个或多个碱基进行测序；和

(e)基于所述测序组装靶核酸序列。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述多个基底包含靶向特定基因组区域的特异性等位基因或基因座的捕获探针。

4.如权利要求1-3中任意一项所述的方法，其中所述多个基底包含靶向标识符序列(“条形码”序列)的捕获探针。

5.如权利要求1-3中任意一项所述的方法，其中所述多个基底包含一组复制的基底，其中每个所述基底在可检测地相似的位置中含有靶核酸的相似分子克隆。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述复制的基底是通过转印制造的。

7.一种对靶核酸分子进行测序的方法，其包括：

(a)提供多个基底，其中基底的总数为n，将每个基底设定为基底(i)且i为从1到n的整数，其中每个所述基底包含含有捕获探针的捕获位点，并且其中每个所述捕获探针包含与靶核酸分子互补的序列；

(b)在所述基底上形成多个杂交复合物，每个杂交复合物包含：所述捕获探针和一个拷贝的所述靶核酸分子；

(c)通过重复i-1次以下步骤来延伸每个所述基底(i)上的所述捕获探针：在聚合酶的存在下，使所述基底(i)上的所述杂交复合物依次接触dATP、dCTP、dGTP和dTTP，从而使用所述靶核酸分子作为模板使所述捕获探针延伸一个或多个碱基；

(d)在聚合酶的存在下，使每个所述基底(i)上的所述每个杂交复合物依次接触标记的dATP、dCTP、dGTP和dTTP之一；

(e)检测所述标记的dATP、dCTP、dGTP和dTTP向每个所述基底(i)上的每个所述捕获探针中的掺入，从而自每个基底(i)获得序列阅读值；和

(f)通过组装所述序列阅读值来确定所述靶核酸分子的序列。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述基底是芯片。

9.如权利要求7或8所述的方法，其中所述n为从10到100的整数。

10.如权利要求7或8所述的方法，其中所述n为10。

11.如权利要求7-10中任意一项所述的方法，其中每个所述基底(i)包含多个捕获位点，并且不同基底上的各个所述捕获位点中的至少一个包含相同序列的捕获探针。

12.如权利要求7-10中任意一项所述的方法，所述捕获探针连接至平坦表面或珠子上。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述捕获探针合成或点样在所述平坦表面上。

14.如权利要求12所述的方法，其中所述平坦表面是流动池。

15.如权利要求12所述的方法，其中所述捕获探针点样在所述平坦表面上的已知位置。