[发明专利]用于通过宫颈细胞的悬液样本预测受试者是否具有宫颈上皮内瘤样(CIN)病变的方法和系统

说明书

相关申请的交叉引用

根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求于2011年5月9日提交的美国临时专利申请序列号61/484,142和2010年11月12日提交的美国临时专利申请序列号61/413,302的提交日的优先权，这些申请的公开内容以引用方式并入本文。

简介

从1949年起，巴氏(PAP)涂片已成为宫颈癌筛查的基石。根据定义，PAP涂片是对涂在载玻片上的细胞执行染色然后通过显微镜进行观察。在宫颈液基细胞学(LBC)出现以后，使用刷子获取宫颈细胞，悬在固定液中，然后涂到载玻片上，再进行染色。经过充分培训的细胞学技术人员和细胞病理学技术人员查看染色后的切片，从而寻找异常细胞的证据，如表1中的特征所表明。

表1

*N/C=核质比。

由于对于PAP涂片而言必须使用载玻片，因此要对LBC的单独等分试样执行用于宫颈癌筛查的其他生物标志物（尤其是用于HPV DNA的分子学检测的那些生物标志物）的检测。虽然诸如p16的一些生物标志物可在载玻片上进行检测，但是通量不能满足美国每年获得的六至七千万个宫颈细胞学标本以及全世界超过一亿五千万个样本的需要。另外，对载玻片执行的分子学技术繁琐而又耗时，这些特征不适于宫颈癌筛查。

在临床上，将PAP切片和HPV检测一起使用，虽然它们是截然不同的两种技术。PAP涂片对于高级别宫颈病变（宫颈前癌和宫颈癌）具有相对低的灵敏度(50%)和相对高的特异性(90%)。相反，HPV DNA检测则对于高级别宫颈病变（宫颈前癌和宫颈癌）具有高灵敏度(>90%)，但特异性低(30%)。这些性能特征支持了将这些检测组合使用以实现有效的宫颈癌筛查。一些研究人员力图仅使用HPV检测进行宫颈癌筛查（初步HPV筛查），但是，当前的HPV DNA检测的特异性不及使用PAP涂片的形态学评估，从而产生一个问题：需要大量不必要的阴道镜/活组织检查程序。因此，单独通过HPV检测来替代PAP涂片仍极具争议。

发明概要

本发明提供了预测受试者是否具有宫颈上皮内瘤样(CIN)病变的方法。该方法的多个方面包括：通过在悬液中测定液体宫颈细胞样本从样本获得形态测量数据以及生物标志物数据和/或非特异性细胞数据，然后使用不同类型的数据预测受试者是否具有CIN病变。本发明还提供可用于实践该方法的系统。该方法和系统可用于多种应用，包括宫颈癌筛查应用。

本发明的多个方面包括预测受试者是否具有宫颈上皮内瘤样(CIN)病变的方法。在一些情况下，该方法包括从受试者的悬液形式的标记液体宫颈细胞样本获得数据，其中该数据包括形态测量数据和选自以下的数据：生物标志物数据、DNA含量数据、核化百分比数据以及它们的组合；以及通过数据预测受试者是否具有CIN病变，例如CIN2+病变。预测的特征可在于85%或更高的灵敏度和/或85%或更高的特异性。数据可通过使用流式细胞术装置分析液体样本而获得，例如，在包括使样本流过照明源和一个或多个光学检测器的方法中。形态测量数据可包括选自以下的数据：前向光散射数据、侧向光散射数据、图像数据以及它们的组合。在一些情况下，标记液体样本为生物标志物标记液体样本，其中数据包括生物标志物数据，并且其中生物标志物数据包括每个细胞的生物标志物定量数据，其中每个细胞的生物标志物定量数据可包括荧光标记检测数据。在一些情况下，该方法还包括制备宫颈细胞的生物标志物标记液体样本。宫颈细胞的生物标志物标记液体样本可通过将初始宫颈细胞样本与特异性结合宫颈癌生物标志物的荧光标记的生物标志物探针接触而制备。宫颈癌生物标志物可以是核酸，例如HPV核酸（诸如E6、E7核酸）或蛋白质（例如p16、E6、E7）。该方法可包括将初始宫颈细胞样本与两种或更多种不同的荧光标记的生物标志物探针（每一种都特异性结合不同的宫颈癌生物标志物）接触。在一些情况下，将初始宫颈细胞样本中的细胞固定和透化，然后再与特异性结合宫颈癌生物标志物的荧光标记的生物标志物探针接触。在一些情况下，该方法还包括在确定异常细胞存在于样本中时建议采用宫颈活组织检查。在一些情况下，标记的液体样本为DNA标记的液体样本，其中数据包括DNA含量数据、核化百分比数据或两者。

本发明的多个方面还包括系统，其包括：

流动通道；

光源，其被构造成将光导向流动通道的测定区；

第一检测器，其被构造成从流动通道的测定区接收光并产生形态测量数据；