[发明专利]CARD9基因突变体及其应用有效
申请号: | 201210055659.8 | 申请日: | 2012-03-05 |
公开(公告)号: | CN103290031A | 公开(公告)日: | 2013-09-11 |
发明(设计)人: | 管李萍;刘轩竹;王俊;汪建;杨焕明 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/31 | 分类号: | C12N15/31;C07K14/37;C12Q1/68;C12M1/34;C12Q1/02;C12R1/645 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 李志东 |
地址: | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | card9 基因 突变体 及其 应用 | ||
1.一种分离的编码CARD9突变体的核酸,其特征在于,与SEQ ID NO:1相比,所述核酸具有选自下列的至少一种突变:c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG,任选地,所述核酸为DNA。
2.一种分离的多肽,其特征在于,与SEQ ID NO:2相比,所述分离的多肽具有选自下列的至少一种突变:p.E81K、p.R35Q、p.Q158X、p.L64fsX59以及p.D274fsX60,
任选地,所述多肽是由权利要求1所述的核酸编码的。
3.一种筛选易感暗色真菌的生物样品的方法,其特征在于,包括以下步骤:
从所述生物样品提取核酸样本;
确定所述核酸样本的核酸序列;
所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,具有选自c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG的至少一种突变是所述生物样品易感暗色真菌的指示,
任选地,所述生物样品为选自人体血液、皮肤以及皮下组织的至少一种,
任选地,所述核酸样本为全基因组DNA。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,从所述生物样品提取核酸样本进一步包括:
从所述生物样品提取RNA样本,优选所述RNA样本为mRNA;以及
基于所述RNA样本,通过反转录反应,获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括:
针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,任选地,采用选自Hiseq2000、SOLiD、454、和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序,
任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括:
利用CARD9外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增;以及
针对所得到的扩增产物,构建所述核酸测序文库,
任选地,所述CARD9外显子特异性引物具有如SEQ ID NO:3-26所示的核苷酸序列。
6.一种筛选易感暗色真菌的生物样品的系统,其特征在于,包括:
核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;
核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;
判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有选自c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG的至少一种突变,判断所述生物样品是否易感暗色真菌。
7.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述核酸提取装置进一步包括:
RNA提取单元,所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本;以及
反转录单元,所述反转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行反转录反应,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
8.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述核酸序列确定装置进一步包括:
文库构建单元,所述文库构建单元用于针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
测序单元,所述测序单元与所述文库构建单元相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,
任选地,所述文库构建单元进一步包括:
PCR扩增模块,所述PCR扩增模块中设置有CARD9外显子特异性引物,以便利用CARD9外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,
任选地,所述CARD9外显子特异性引物具有如SEQ ID NO:3-26所示的核苷酸序列,
任选地,所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。
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