[发明专利]筛查五彩苏类病毒属类病毒的芯片及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息学及生物检疫鉴定技术领域，尤其涉及筛查五彩苏类病毒属类病毒的芯片及其应用。

背景技术

五彩苏类病毒属类病毒（Coleviroid）属于马铃薯纺锤形块茎类病毒科（Pospiviroidae），迄今为止发现并报道的五彩苏类病毒共有6种(Coleus blumei viroid1-6,CbVd-1~CbVd-6)。五彩苏类病毒最先在巴西发现，后德国、加拿大、日本、印度、印度尼西亚和中国相继报道。五彩苏感染类病毒后会出现黄化或斑驳等症状，少数有矮化现象侵染。

该属类病毒通过机械传播，也可以通过种子传播。随着国内外植物及其产品贸易的增加，该属出现“新”类病毒的频率越来越高，这种“新”主要表现在：属内可能的新种，如侯婉莹等2009年发现的两个锦紫苏类病毒新种(CbVd-5,CbVd-6)；发现新的寄主及种内可能的变异；这3种情况都会导致该属内出现具有检疫风险性的新类病毒。对于这些潜在的新类病毒需要建立广谱性筛查技术，以便达到快速（一次反应可检测同一样品中该属的所有类病毒）、广谱（不会因为变异等出现漏检）的筛查。而现有的技术如生物学测定、正反向聚丙烯酰胺凝胶电泳及RT-PCR等通量低，一次只能检测样品中的一种类病毒；而且属于特异性检测，无法对变异大且变异位点多的类病毒进行检测。为了解决这些问题，国内外研究人员开展了广谱性高通量筛查技术的研究，结果表明从病原物较高的分类水平上进行筛查，可以有效提高新发病原微生物的筛查效果；同时该技术可以结合芯片的高通量特点，从而大大提高筛查的效率。如果采用这种筛查芯片技术在种子阶段进行类病毒检疫控制，利用得到健康植株再进行无性繁殖，就可为控制五彩苏类病毒的传播及生产无毒锦紫苏创造有利条件。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定五彩苏类病毒属类病毒的探针组。

本发明提供的鉴定或辅助鉴定五彩苏类病毒属类病毒的探针组，由探针1-探针6共6条探针组成，所述探针1-探针6的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-6。

上述探针中，所述五彩苏类病毒属类病毒为CbVd-1、CbVd-2、CbVd-3、CbVd-4、CbVd-5或CbVd-6。

本发明的另一个目的是提供一种筛查五彩苏类病毒属类病毒的基因芯片。

本发明提供的筛查五彩苏类病毒属类病毒的基因芯片，为将上述的探针固定在片基表面得到的基因芯片。

在上述基因芯片中，所述片基为醛基化玻璃片基，在本发明的实施例中采用的是博奥生物有限公司晶芯微阵列基片,产品目录号:420022。

在上述基因芯片中，所述五彩苏类病毒属类病毒为CbVd-1、CbVd-2、CbVd-3、CbVd-4、CbVd-5或CbVd-6。

本发明的第三个目的是提供一种筛查五彩苏类病毒属类病毒的试剂盒。

本发明提供的试剂盒，包括上述的基因芯片。

上述试剂盒还包括用于扩增所述五彩苏类病毒属类病毒的cDNA的引物对，所述引物对具体由序列表中序列7和序列表中序列8所示的DNA分子组成；

所述五彩苏类病毒属类病毒为CbVd-1。

上述探针组、上述基因芯片或上述试剂盒在如下1）-4）中的应用，也是本发明保护的范围：

1）鉴定或辅助鉴定五彩苏类病毒属类病毒；

2）制备鉴定或辅助鉴定五彩苏类病毒属类病毒产品；

3）鉴定或辅助鉴定待测植物感染五彩苏类病毒属类病毒；

4）制备鉴定或辅助鉴定待测植物感染五彩苏类病毒属类病毒产品。

上述应用中，所述待测植物为锦紫苏；所述五彩苏类病毒属类病毒为CbVd-1。

本发明的第四个目的是提供一种筛查或辅助筛查待测植物感染五彩苏类病毒属类病毒的方法。

本发明提供的方法，包括如下步骤：

1）将待测植物的组织的cDNA进行标记，得到标记后产物；

2）将步骤1）得到的标记后产物与上述的基因芯片进行杂交，得到杂交后芯片；

3）将步骤2）得到的杂交后芯片扫描，

若所述基因芯片上的至少一条所述探针的信号绝对值不小于600且信噪比不小于3.0，则待测植物感染或候选感染五彩苏类病毒属类病毒。

上述方法中，步骤1）中，所述标记为以所述cDNA为模板，以上述的试剂盒中的所述引物对进行PCR扩增，得到PCR产物，再将所述PCR产物进行Klenow酶标记，得到标记后产物；