[发明专利]胃癌的生物标志物

说明书

发明背景

胃癌(gastric cancer)，也称为胃癌(stomach cancer)，是世界范围内第四常见的癌症，每年诊断出约1,000,000个病例。胃癌是一种具有高死亡率的疾病(每年约有800,000人死亡)，这使得它成为继肺癌之后世界范围内癌症死亡的第二常见的原因。在男性中和在发展中国家(包括很多亚洲国家)中胃癌的发生明显更高。

在胃癌早期，通常没有临床症状或仅表现出非特异性的症状，因而在疾病到达晚期之前在很多病例中无法作出诊断。这通常导致较差的预后：在诊断为胃癌的个体的80-90%中发生转移，早期诊断出的那些个体中的65%具有6个月的存活率，而晚期诊断出的那些个体中仅有少于15%具有6个月的存活率。

由于胃癌的普遍性及其对患者预期寿命的严重影响，因此需要诊断、监测和治疗胃癌的新方法。本发明满足该需求和其它相关的需求。

发明概述

一方面，本发明提供了检测个体胃癌的方法。所述方法包括以下步骤：(a)测量取自所述个体的样品中BCL6B的表达水平；以及(b)将在步骤(a)中所获得的表达水平与标准对照进行比较。当与标准对照比较时，检测到BCL6B表达水平的下降指示个体可能患有胃癌。通常，本方法中所用的样品是胃粘膜样品，例如包括胃上皮细胞的胃粘膜样品。

在一些实施方案中，BCL6B的表达水平是BCL6B蛋白水平。在其它实施方案中，BCL6B的表达水平是BCL6B mRNA水平。当测量BCL6B蛋白水平时，步骤(a)可以包括利用能特异性结合BCL6B蛋白的抗体进行免疫测定。例如可以使用Western印迹分析。在其它情况下，步骤(a)可以包括质谱测量或基于杂交的测定，例如与微阵列、荧光探针或分子信标的杂交。

在一些实施方案中，步骤(a)可以包括扩增反应，诸如聚合酶链式反应(PCR)，尤其是逆转录酶-PCR(RT-PCR)。在一些情况下，检测步骤包括多核苷酸杂交测定，例如Southern印迹分析、Northern印迹分析或原位杂交测定。在一些情况下，在多核苷酸杂交测定中使用多核苷酸探针，使其与SEQ ID NO:9、10、11、12、18、19或20或以上的互补物杂交。任选地，多核苷酸探针包括或具有与其连接的可检测的部分。

在某些实施方案中，当测试胃癌的个体最初被指示患有胃癌时，所述方法还可以包括在一段时间之后利用来自所述个体的相同类型样品(即，通过相同或相似的方式从胃的任何组织类型或解剖学位置收集的样品)重复步骤(a)。当与最初的步骤(a)的BCL6B(蛋白或mRNA)的表达水平的量相比，在所述一段时间之后时观察到BCL6B表达水平增加时，指示胃癌的改善，而降低指示胃癌的恶化。

在第二方面，本发明提供了检测个体胃癌的方法。所述方法包括以下步骤：(a)用能差异性地修饰甲基化DNA和非甲基化DNA的试剂处理取自所述个体的样品；以及(b)在步骤(a)的处理之后，分析(诸如测序)含CpG的基因组序列以确定至少一个CpG是甲基化的还是非甲基化的，所述含CpG的基因组序列是SEQ ID NO:9、18、19或20的至少一个区段(达到SEQ ID NO:9、18、19或20的全长以及包括SEQ ID NO:9、18、19或20的全长)并且包含至少一个CpG二核苷酸对。含CpG的基因组序列中一个甲基化CpG的存在指示个体可能患有胃癌。

在一些实施方案中，含CpG的基因组序列含有两个或更多个CpG，例如，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个CpG对，并且当所有CpG中的至少50%为甲基化的时，指示个体可能患有胃癌。含CpG的基因组序列的长度可以变化，但是其长度应当足以包括至少一个CpG。通常，含CpG的基因组序列是SEQ ID NO:9、18、19或20的至少15个连续核苷酸的区段，并且可以是SEQ ID NO:9、18、19或20的至少20、30、50、100、200或更多个连续核苷酸的区段，或者甚至是SEQ ID NO:9、18、19或20的全长。在一个实例中，含CpG的基因组序列是BCL6B启动子序列-95至+95bp(相对于转录起始位点)(SEQ ID NO:18)的区段。在另一实例中，含CpG的基因组序列是SEQ ID NO:19，其含有9个CpG位点。当所有CpG中的至少5个是甲基化的时，指示个体患有胃癌。