[发明专利]RET融合基因检测的PCR引物、试剂盒和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及RET融合基因检测的PCR引物、试剂盒和液相芯片。

技术背景

癌症中的染色体重排常常导致两个独立的基因融合在一起。在某些情况下，两个基因编码区连接在一起，导致融合蛋白的表达，称为基因融合（Gene fusions）。在哺乳动物中，基因融合是导致某些疾病（如癌症）发生的原因之一。基因融合现象最早发现于多种血液和软组织癌症，如白血病、淋巴瘤等。RET原癌基因位于常染色体11q11.2上,长约60000bp,至少含20个外显子,编码酪氨酸激酶受体。目前研究表明RET基因突变与fMT C、sMT C、多发内分泌肿瘤2A及2B型、先天性巨结肠等疾病的发生关系密切。研究进一步发现，RET融合基因与肺癌、甲状腺癌的发病密切相关。研究者从24例肺癌患者中发现1例有KIF5B-RET融合变异。研究者进一步在121例欧洲肺癌样本中发现1例（0.8%）、在405例日本及韩国肺癌样本中发现9例（2%）患者存在KIF5B-RET基因融合。在所有检测分析的667例肺癌样本中，KIF5B-RET基因融合频率约为1.8%（12/667例），而在没有EGFR、KRAS、HER2、ALK、ROS1变异的肺癌中，RET基因的融合频率高达6.3%（10/159例）。值得注意的是，针对KIF5B-RET这一在NSCLC中发现的新融合基因，转染表达KIF5B-RET融合基因的Ba/F3细胞显示出了RET的高表达和磷酸化活化，而体外实验发现，多靶点药物如索拉非尼、舒尼替尼及凡德他尼（vandetanib）均能抑制该细胞的增殖。

CCDC6-RET是在非吸烟肺腺癌患者中新发现的融合基因，生物信息学以及实验验证结果表明，在大约10%(2/24)的肿瘤样本中存在着一个新的肺癌致病基因融合CCDC6-RET。RET是一个受体酪氨酸激酶，在正常的肺组织中表达较低；而该基因突变融合了CCDC6的胞外域以及RET的激酶活性区，在肺癌样本中往往表达较高，而这可能是导致肺癌发病的关键所在。

目前，针对RET融合基因的研究大部分采用RT-PCR方法以及非放射性同位杂交FISH方法进行检测。RT-PCR方法是针对已知的RET融合基因的类型以及融合方式来设计引物，将RNA反转录获得cDNA后，通过PCR扩增目的片段的方式来进行检测，则存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点。而非放射性原位杂交技术FISH法尽管较为直观，但试验过程过于繁琐，需要的试剂种类繁多，费时费力，且其只能检出融合基因是否存在，不能准确得出具体的融合类型，灵敏性较低，因而一定程度上限制了该法的应用。

发明内容

本发明的目的之一是提供一种检测RET融合基因的PCR引物，所述PCR引物可用于单独或并行检测RET融合基因的7种基因融合亚型：KIF5B-RET融合基因的K15;R12、K16;R12、K22;R12、K23;R12、K24;R8、K24;R11和CCDC6-RET融合基因的C1;R12。

实现上述目的的技术方案如下：

一种检测RET融合基因的PCR引物，所述PCR引物为：针对K15;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.4、针对K16;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.5、针对K22;R12和K23;R12的SEQID NO.1和SEQ ID NO.6、针对K24;R8的SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.7、针对K24;R11的SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.7、和/或针对C1;R12的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.8。

本发明的另一目的是提供一种检测RET融合基因的PCR试剂盒。

实现上述目的的技术方案如下：

一种检测RET融合基因的PCR试剂盒，包括有上述的所述PCR引物。