[发明专利]基于SLAFseq技术的大规模样品基因分型方法

权利要求书

1.基于SLAFseq的大规模样品基因分型方法，其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序，对大规模样品进行标记开发及遗传图谱绘制、全基因组关联分析，包括如下步骤：

1）对经性状鉴定的各样品的DNA进行检测；

2）对样品基因组的复杂性进行降低处理，获得复杂性降低的DNA样品；

3）利用二级引物库中的引物对复杂性降低后的样品DNA进行PCR扩增，使特异性长度片段扩增前后丰度一致；

4）将扩增后的特异性长度片段连接标准测序接头，利用高通量测序方式进行测序；

5）比较测序结果，获得SLAF标记，进行遗传图谱绘制或全基因组关联分析。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，大规模样品来自动物、植物或微生物。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样品为自然群体或遗传分离群体；所述遗传分离群体为经鉴定的性状分离群体，包括F2、BC1、DH等目标性状分离的群体。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2）中DNA复杂性降低方法是任何有选择性的减少基因组复杂度的方法，包括限制性内切酶酶切产物PCR扩增或酶切产物选择性吸附。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，酶切方法满足以下条件：

a）保证序列标签在基因组上分布均匀；

b）选择特定长度的酶切片段能够保证序列标签的数量；

c）选择特定长度的酶切片段避免落在基因组高度重复区。

6.如权利要求4所述的方法，其特征在于，酶切方法的确定需进行预实验，包括如下步骤：

1）通过生物信息学模拟，获得1~3套候选方案；

2）对样品进行酶切、二级引物连接、PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳；

3）电泳结果各样品目标范围内无特异条带，且通过图片解析软件获得电泳胶图上各位点灰度值，利用灰度值模拟模板量进行扩增倍率分析，模板范围扩增倍率一致性高者即为可用的酶切方法。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤3）二级引物库序列如SEQ ID NO.4~112所示。

8.如权利要求1中所述的方法，其特征在于，所述步骤4）的高通量测序方式为Solexa双端测序。

9.如权利要求1中所述的方法，其特征在于，所述步骤5）的比较测序结果包括特异性长度片段多态性和单核苷酸多态性分子标记。

10.权利要求1-9任一所述的方法在遗传图谱绘制或全基因组关联分析中的应用。