[发明专利]与黄瓜苦味性状相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因工程及分子生物学领域，具体地说，涉及一种与黄瓜苦味性状相关的SNP标记及其应用。 

背景技术

黄瓜的苦味是由一类称为葫芦素C的三萜化合物导致的。黄瓜果实中积累葫芦素C会严重影响黄瓜的商品品质。早期的经典遗传试验发现黄瓜的苦味有Bi和Bt两个基因控制。Bi基因主要控制叶片苦味，Bt基因主要控制黄瓜果实苦味。其中隐性bi基因对Bt基因具有上位效应。但到目前为止，Bi和Bt基因均未被克隆出来。育种学家们为了避免苦味对黄瓜品质的干扰，在育种过程中往往依靠品尝或是经验等主观评价方式来鉴定黄瓜品种的苦味。此外，黄瓜叶片或果实的葫芦素C含量也可以用HPLC进行准确测量，据此判断黄瓜是否具有苦味。 

依靠经验或品尝等主观评价方式来判断黄瓜是否具有苦味非常不科学，受个体差异影响较大，不同个体对苦味的反应不尽相同，难以确保结果准确。而利用HPLC测量葫芦素C的方法结果虽然准确，但测量费用高且样品准备繁琐。育种学家们在选育不苦育种材料时需对成千上万的材料进行鉴定，没有可操作性，因此该方法一直没有被采用，仅用于小规模的科学研究。 

随着分子数量遗传学、分子生物学技术的飞速发展，有关分子遗传标记和标记辅助选择的研究被广泛开展，并在植物育种中应用，产生了巨大的影响。dCAPS（衍生的酶切扩增多态性序列，derived cleaved amplified polymorphic sequences）是在PCR技术基础上发展起来的，其基本原理是用PCR扩增目的DNA片段，通过在扩增引物中引入错配碱基，结合SNP位点引入新的限制性内切酶作用位点，用特异 性限制性内切酶消化切割成不同大小片段，直接利用凝胶电泳图进行分析。用dCAPS法可以将几乎所有的SNP位点转化成以PCR为基础的分子标记。 

分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良作物的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为农作物育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在农作物育种中的作用将日益突出。在黄瓜育种中，人们希望选择与黄瓜苦味性状密切相关的DNA标记，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而加快遗传育种进程。 

发明内容

本发明的目的是提供一种与黄瓜苦味性状相关的SNP标记及其应用。 

本发明的另一目的是提供用于检测所述与黄瓜苦味性状相关的SNP标记的引物对及含有该引物对的试剂盒。 

为了实现本发明目的，本发明首先提供一种黄瓜Csa6G088690蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID No.1所示，或该序列经替换、缺失或添加一个或几个氨基酸形成的具有同等功能的氨基酸序列。 

本发明还提供编码所述Csa6G088690蛋白的基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。 

本发明还提供含有编码所述Csa6G088690蛋白的基因的载体。 

本发明还提供含有编码所述Csa6G088690蛋白的基因的转基因细胞系。 

本发明还提供含有编码所述Csa6G088690蛋白的基因的工程菌。 

本发明还提供含有编码所述Csa6G088690蛋白的基因的转化植物细胞。 

本发明还提供编码所述Csa6G088690蛋白的基因在葫芦素合成 中的应用。 

本发明还提供编码所述Csa6G088690蛋白的基因在调控黄瓜苦味性状中的应用。 

进一步地，本发明提供一种与黄瓜苦味性状相关的SNP标记，其位于黄瓜Csa6G088690基因序列第1178bp处，此处碱基为G的黄瓜苦味，此处碱基为A的黄瓜不苦。 

本发明还提供用于检测上述与黄瓜苦味性状相关的SNP标记的引物对，包括正向引物F5’-GAAGATGAAAATAGTCGATATAGAT-3’和反向引物R5’-ATGATATGAATTGCTAGCTAGTTCT-3’。 

本发明还提供上述与黄瓜苦味性状相关的SNP标记在鉴定苦味黄瓜品种中的应用，其包括步骤： 

1）提取待测黄瓜的基因组DNA； 

2）以待测黄瓜的基因组DNA为模板，利用上述引物对F和R，进行PCR扩增反应； 

3）检测PCR扩增产物。