[发明专利]引物及该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法

权利要求书

1.引物，包括扩增引物和延伸引物，其特征在于：

所述的扩增引物序列如下：

SEQ ID NO:15’-ACGTTGGATGAACTGAGCAAGAGGCTTTGG-3’

SEQ ID NO:25’-ACGTTGGATGTCCATTTTTGTTGTCCAGCC-3’

SEQ ID NO:35’-ACGTTGGATGGCAATTTCTACACGAGATCC-3’

SEQ ID NO:45’-ACGTTGGATGTGTGACTCCATAGAAAATC-3’

SEQ ID NO:55’-ACGTTGGATGGCAATTTCTACACGAGATCC-3’

SEQ ID NO:65’-ACGTTGGATGTGTGACTCCATAGAAAATC-3’

S EQ I D NO:75’-ACGTTGGATGAACTGAGCAAGAGGCTTTGG-3’

SEQ ID NO:85’-ACGTTGGATGTCCATTTTTGTTGTCCAGCC-3’；

所述的延伸引物序列如下：

SEQ ID NO:95’-TCCAGCCACCATGAT-3’

SEQ ID NO:105’-CCTCTCTCTGAAATCACT-3’

SEQ ID NO:115’-CACGAGATCCTCTCTCT-3’

SEQ ID NO:125’-GAAACAAATGAATGATGCAC-3’。

2.根据权利要求1所述的引物，其特征在于：所述的引物是具有SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:12任一项所示序列的核苷酸序列。

3.根据权利要求1、2所述该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法，其特征在于：包括如下步骤：

⑴、确定PIK3CA热点突变在基因序列中的位置；

⑵、根据突变位点及其两端的序列设计用于扩增反应的引物对和用于延伸反应的引物；

⑶、使用扩增引物对进行扩增反应以获得包含突变位点及其两端序列的扩增产物；

⑷、使用SAP酶处理扩增产物，去除残留在反应体系中多余的脱氧核苷酸；

⑸、使用延伸引物进行延伸反应；

⑹、然后使用树脂纯化延伸产物；

⑺、将延伸产物转移到芯片上；

⑻、将芯片放置于质谱仪中，运行程序进行检测；

⑼、读取并分析检测数据，确认样本PIK3CA基因目的位点的基因型。

4.根据权利要求3所述该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法，其特征在于：所述步骤⑴热点突变定位于PIK3CA基因的第542位、545位、1047位密码子中的一种或几种；所述步骤⑵扩增反应所使用的扩增引物包括SEQ IDNO:1至SEQ ID NO:8所示序列中的一对组合或多对组合；所述步骤⑵延伸引物包括SEQ ID NO:9至SEQ ID NO:12所示序列中的一条或多条。

5.根据权利要求4所述该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法，其特征在于：所述第542位密码子热点突变发生在此密码子的第一位碱基上，为错义突变，扩增引物为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2，延伸引物为SEQ ID NO:9。

6.根据权利要求4所述该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法，其特征在于：所述第545位密码子热点突变发生在此密码子的第一位碱基上，为错义突变，扩增引物为SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4，延伸引物为SEQ ID NO:10。

7.根据权利要求4所述该引物质谱检测PIK3CA基因热点突变的方法，其特征在于：所述第1047位密码子热点突变发生在此密码子的第一位碱基和第二位碱基上，均为错义突变，扩增引物分别为SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的组合以及SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的组合，延伸引物分别为SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12。