[发明专利]提供基因组数据的动态索引和可视化的分布式系统

权利要求书

1.基因组可视化系统，包括：

索引基因组数据库，其配置为存储表征基因组区域的序列对象，所述序列对象包括多个标度相关注释；以及

定标引擎，其与所述索引基因组数据库耦合且配置为：

调节作为用户选定缩放水平的函数的标度相关信息，其中被调解的标度相关信息获自所述序列对象的标度相关注释；

为所述序列对象动态地生成基因组显示对象，其中所述基因组显示对象基于所述缩放水平并表征所调节的标度相关信息，其中所述动态地生成包括所述序列对象的呈现的可视化的改变；

其中所述定标引擎响应于指示将由消费应用使用的数据点的数量的请求而在下采样数据传输至输出设备之前对包括所述基因组显示对象的数据容量动态且自动地下采样，并且其中所述动态下采样进一步基于所请求的基因组区域的大小和关于显示数据的输出设备的图形分辨率的知识；

其中下采样通过不需要基础数据知识的第一种机制和需要有关文件类型的附加信息的第二种机制的至少一种来实现；

其中第一种机制通过提供预先浓缩到一定水平的bam服务器文件来实现；

其中用于下采样的第二种机制是bam服务器能访问的全数据的动态概括；以及

将所述下采样数据传输至所述输出设备以将所述基因组显示对象呈现给用户。

2.如权利要求1所述的系统，其中所述序列对象具有SAM/SAM或BAMBAM格式。

3.如权利要求1所述的系统，其中所述基因组区域是以下之一：全基因组、染色体、染色体片段和等位基因。

4.如权利要求1所述的系统，还包括作为所述定标引擎运行的bam服务器。

5.如权利要求4所述的系统，还包括多个bam服务器。

6.如权利要求1所述的系统，还包括作为所述定标引擎运行的可视化服务器。

7.如权利要求6所述的系统，还包括多个可视化服务器。

8.如权利要求1所述的系统，其中所述输出设备包括以下至少之一：显示器、浏览器、打印机、3D打印机和扬声器。

9.如权利要求1所述的系统，其中所述定标引擎还配置成基于所述缩放水平通过下采样来调节所述标度相关信息。

10.如权利要求9所述的系统，其中所述定标引擎还配置成作为从所述缩放水平获得的数据密度的函数而进行下采样。

11.如权利要求1所述的系统，其中所述定标引擎还配置成确定所述缩放水平。

12.如权利要求11所述的系统，其中所述定标引擎还配置成根据所述缩放水平来概括所述序列对象的全数据集。

13.如权利要求1所述的系统，其中所述定标引擎还配置成从不同的序列对象中的标度相关注释的差别来获得所述标度相关信息。

14.如权利要求1所述的系统，其中所述序列对象包括基准序列对象。

15.如权利要求14所述的系统，其中所述基准序列对象从由原始序列数据、来自同类统计资料的序列数据和来自规定时间点的序列数据构成的组中选出。

16.如权利要求1所述的系统，其中所述序列对象包括相对于基准基因组区域的差分序列对象。

17.如权利要求16所述的系统，其中所述基准基因组区域来自同类统计资料或特定于时间点。