[发明专利]多基因生物标志物的鉴定

权利要求书

1.一种鉴定预测性基因集合(“PGS”)的方法，其中所述的预测性基因集合用于将癌症组织分类为对特定的抗癌药品或抗癌药品类型是敏感的或抵抗的，所述的方法包括：

(a)测量由表1中的转录簇得到的代表性数量的基因在以下中的表达水平：(i)由被鉴定为对抗癌药品敏感的癌症组织的群体得到的组织样品集合，和(ii)由被鉴定为对抗癌药品抵抗的癌症组织的群体得到的组织样品集合；以及

(b)测定代表性数量的基因在由所述的敏感群体得到的组织样品集合中和在由所述的抵抗群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异，

其中在敏感群体中的基因表达水平显著不同于在抵抗群体中的基因表达水平的、代表性数量的基因为用于将样品分类为对所述的抗癌药品是敏感的或抵抗的PGS。

2.权利要求1所述的方法，其中将所述的敏感群体的平均簇得分与所述的抵抗群体的平均簇得分相比较的学生t检验用于测定所述的代表性数量的基因在由所述的敏感群体得到的组织样品集合中和在由所述的抵抗群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异。

3.权利要求1所述的方法，其中基因集合富集分析(GSEA)用于测定所述的代表性数量的基因在由所述的敏感群体得到的组织样品集合中和在由所述的抵抗群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异。

4.权利要求1所述的方法，其中所述的代表性数量的基因为10个或更多。

5.权利要求4所述的方法，其中所述的代表性数量的基因为15个或更多。

6.权利要求5所述的方法，其中所述的代表性数量的基因为20个或更多。

7.权利要求1所述的方法，其中所述的组织样品选自肿瘤样品或血液样品。

8.权利要求1所述的方法，其中针对所述的51个转录簇的每一个实施步骤(a)和(b)。

9.权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括：

测量图6中代表所述的51个转录簇的每一个的10个基因在以下中的表达水平：(i)由被鉴定为对所述的抗癌药品敏感的癌症组织的群体得到的组织样品集合，和(ii)由被鉴定为对所述的抗癌药品抵抗的癌症组织的群体得到的组织样品集合；

并且步骤(b)包括：

针对所述的51个转录簇的每一个，测定图6中的10个基因的表达水平之间是否具有统计学显著性差异，其中所述的基因代表由所述的敏感群体得到的组织样品集合中的簇、以及由所述的抵抗群体得到的组织样品集合中的簇；

其中由图6中所述的转录簇得到的10个基因所代表的转录簇为用于将样品分类为对所述的抗癌药品是敏感的或抵抗的PGS，其中所述的基因在所述的敏感群体中的基因表达水平与该基因在所述的抵抗群体中的基因表达水平显著不同。

10.权利要求9所述的方法，其中所述的PGS基于转录簇的多样性。

11.一种鉴定预测性基因集合(“PGS”)的方法，其中所述的预测性基因集合用于将癌症患者分类为具有良好预后或不良预后，所述的方法包括：

(a)测量由表1中的转录簇得到的代表性数量的基因在以下中的表达水平：(i)由被鉴定为具有良好预后的癌症患者群体得到的组织样品集合；以及(ii)由被鉴定为具有不良预后的癌症患者群体得到的组织样品集合；以及

(b)测定代表性数量的基因在由所述的良好预后群体得到的组织样品集合中和在由所述的不良预后群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异，

其中在良好预后群体中的基因表达水平显著不同于其在不良预后群体中的基因表达水平的、代表性数量的基因为用于将患者分类为良好预后或不良预后的PGS。

12.权利要求11所述的方法，其中将所述的良好预后群体的平均簇得分与所述的不良预后群体的平均簇得分相比较的学生t检验用于测定所述的代表性数量的基因在由所述的良好预后群体得到的组织样品集合中和在由所述的不良预后群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异。

13.权利要求11所述的方法，其中GSEA用于测定所述的代表性数量的基因在由所述的良好预后群体得到的组织样品集合中和在由所述的不良预后群体得到的组织样品集合中的表达水平之间是否具有统计学显著性差异。