[发明专利]用于评估杂合性丢失的方法与材料

权利要求书

1.一种评估癌细胞或其基因组DNA中LOH的方法，其中所述方法包括： 

(a)在癌细胞或来源于其的基因组DNA中检测所述癌细胞的至少一对人类染色体上的LOH区域，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对；并且 

(b)检测所述至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含所述LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述第一长度约1.5百万或更多百万碱基。 

2.一种预测癌细胞中BRCA1和BRCA2基因状态的方法，包括： 

在癌细胞中检测所述癌细胞的至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约1百50万或更多碱基；并且 

将大于参考数的所述总数与BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加相关联。 

3.一种预测癌细胞中HRD状态的方法，包括： 

在癌细胞中检测所述癌细胞的至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约1千5百万或更多碱基；并且 

将大于参考数的所述总数与HRD缺陷的可能性的增加相关联。 

4.一种预测癌症患者响应包含DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗，和/或PARP抑制剂的癌症治疗方案的方法，所述方法包括： 

在来自所述癌症患者的癌细胞中检测所述癌症患者的癌细胞中至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的数目，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约1.5或更多百万碱基；并且 

将大于参考数的所述总数与所述癌症患者将会响应所述癌症治疗方案可能性的增加相关联。 

5.一种预测癌症患者响应治疗方案的方法，包括： 

在来自所述癌症患者的癌细胞中检测所述癌症患者癌细胞的至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约1.5或更多百万碱基；并且 

将大于参考数的所述总数与所述癌症患者将不会响应包括紫杉醇或多烯紫杉醇的治疗方案可能性的增加相关联。 

6.一种治疗癌症的方法，包括： 

(a)在来自癌症患者的癌细胞或从其获得的基因组DNA中检测癌细胞中至少一对人类染色体上的长于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约1.5或更多百万碱基；并且 

(b)如果所述LOH区域的总数大于参考数，给予所述癌症患者包含一种或多种选自由DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂和PARP抑制剂组成的药物的癌症治疗方案。 

7.用一种或多种选自包含DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂和PARP抑制剂的组合的药物制备对治疗已被鉴定为确定具有总数为5或更多的指示LOH区域的癌细胞的患者的癌症有用的药剂。 

8.一种测定癌症患者癌细胞的LOH状态的系统，包括： 

(a)配置用来产生多个关于所述癌细胞至少一对人类染色体的基因组DNA的信号的样品分析仪，以及 

(b)基于所述多个信号，用来计算所述至少一对人类染色体上的指示LOH区域数目的程序化的计算机子系统。 

9.根据权利要求8的系统，其中所述计算机子系统被编程将所述指示LOH区域的数目与参考值做比较来确定 

(a)所述癌细胞中BRCA1和/或BRCA2基因缺陷的可能性， 

(b)所述癌细胞中HRD缺陷的可能性，或 

(c)所述癌症患者将会响应包含DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗、或PARP抑制剂的治疗方案的可能性。