[发明专利]用于评估杂合性丢失的方法与材料

说明书

相关申请的交叉引用

本申请请求在2011年12月21日提交的序列号为61/578,713的美国临时专利申请和2012年6月1日提交的序列号为61/654,402的美国临时申请之优先权，其内容在此通过引用的方式全文并入本文。

背景

1.技术领域

本文件相关于涉及评估样品(如：癌细胞)中是否存在杂合性丢失(LOH)谱的方法和材料。例如，本文件提供了测定一个细胞(如：癌细胞)中是否包含LOH谱的方法和材料。本文件还提供了鉴别有同源重组修复(HDR)缺陷的细胞(如：癌细胞)的材料和方法以及鉴别可能响应特定癌症治疗方案的癌症患者的材料和方法。在本文中，除非明确指出，HDR缺陷和HRD(同源修复缺陷)当作同义词使用。

2.背景介绍

癌症是一个严重的公共卫生问题，仅在2009年就有562,340的美国人口死于癌症。American Cancer Society,Cancer Facts&Figures 2009(在美国癌症协会网站可得到)。癌症治疗的主要挑战之一就是发现与患者自身癌症相关的临床上有用的特征，并且基于这些特征给出最适合患者癌症的治疗方案。尽管在个性化医疗这个领域已经有了很大的进步，但是仍然非常需要更好的分子诊断工具来特征化患者的癌症。

概述

一般说来，本发明的一个方面突出了评估癌细胞或其基因组DNA中LOH的方法。在一些实施例中，该方法包括，或大体由下列步骤组成，(a)在癌细胞或其来源的基因组DNA中检测癌细胞中至少一对人类染色体上的LOH区域(如：除了人类X/Y性染色体对的任何一对人类染色体)；和(b)测定所述LOH区域的数目和大小(如：长度)。在一些实施例中，LOH区域在若干代表整个基因组的染色体对中被分析(如：足够的染色体被分析，这样LOH区域的数目和大小有望可以代表整个基因组的LOH区域的数目和大小)。在一些实施例中，该方法进一步包括测定长于约1.5、5、12、13、14、15、16、17(优选14、14、16或更多，更优选15或者更多)百万碱基但是短于LOH区域所在相应染色体整体长度的LOH区域(指示LOH区域)的总数。二者择一地或另外地，这些指示LOH区域的总的叠加长度被测定。在一些具体的实施例中，如果指示LOH区域的总数或指示LOH区域的总的叠加长度等于或大于预定的参考数值，那么所述癌细胞或其基因组DNA或具有所述癌细胞或基因组DNA的患者被鉴定具有HDR缺陷型LOH谱。

还提供了一种评估癌细胞或其基因组DNA中LOH的另一方法，其包括，或大体由下列步骤组成，(a)在癌细胞或来源于其的基因组DNA中检测癌细胞的至少一对人类染色体上的LOH区域，其中所述“至少一对人类染色体”不是人类X/Y性染色体对；并且(b)在所述人类染色体中测定长于第一长度的LOH区域的总数和/或总的叠加长度，其中第一长度为约1.5或更多的(或5、10、13、14、15、16或更多，优选地15或更多)百万碱基，而所述LOH区域短于包含该LOH区域的相应的整条染色体长度。在一些实施例中，如果那个总数或叠加长度等于或大于预设的参考数，那么所述癌细胞或基因组DNA或具有所述癌细胞或基因组DNA的患者被鉴定具有HDR缺陷型LOH标记。

另一方面，本发明提供了预测癌细胞中BRCA1和BRCA2基因状态的方法。该方法包括，或大体由下列步骤组成，在癌细胞中测定癌细胞的至少一对人类染色体上的LOH区域，此LOH区域的长度长于第一长度的LOH区域的总数和/或总的叠加长度，所述LOH区域短于包含该LOH区域的相应的整条染色体长度，其中所述“至少一对人类染色体”不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度为约1.5或更多的(或5、10或更多，优选约15或更多)百万碱基；并且大于参考数的总数或叠加长度与BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加相关联。

另一方面，本发明提供了预测癌细胞中HDR状态的方法。该方法包括，或大体由下列步骤组成，在癌细胞中测定癌细胞的至少一对人类染色体上长于第一长度的LOH区域的总数和/或总的叠加长度，所述LOH区域短于包含该LOH区域的相应的整条染色体长度，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度约为1.5或更多的(或5、10或更多，优选约15或更多)百万碱基；并且使大于参考数的总数或叠加长度与HDR缺陷的增加的可能性相关联。