[发明专利]胎儿健康状态的无创性检测有效
申请号: | 201280075090.X | 申请日: | 2012-09-14 |
公开(公告)号: | CN104619858B | 公开(公告)日: | 2017-06-06 |
发明(设计)人: | 王威;李英睿;徐煜;刘萍;孙广青;曾玺 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12Q1/00 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙)11201 | 代理人: | 李志东 |
地址: | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 胎儿 健康 状态 无创性 检测 | ||
1.一组生物体在制备用于确定人类胎儿的健康状态的生物标志物的用途,其生物体包含至少一个选自由以下所组成的组的生物体,小地老虎核型多角体病毒、假单胞杆菌噬菌体F10、鼻疽噬菌体Bcep22、脑心肌炎病毒、肠杆菌噬菌体M13、葡萄球菌噬菌体37、西枞色卷蛾颗粒体病毒、棉铃虫裸病毒2、肠杆菌噬菌体Sf6,所述健康状态为21三体性的常染色体异常。
2.根据权利要求1所述的用途,其生物标志物还包含丙型肝炎病毒基因型1、人类1型疱疹病毒、人类7型疱疹病毒或鲤疱疹病毒3。
3.根据权利要求1或2所述的用途,其生物标志物通过如下方法鉴定得到,
a)在来自至少一个怀孕女性的生物样本中,评估来自外源性生物体的多核苷酸、多肽和/或与宿主代谢相关的小分子的同一性和/或水平;
b)对所述外源性多核苷酸、多肽和/或与宿主代谢相关的小分子的所述的同一性和/或水平进行统计学分析,得到至少一个来自外源性生物体的多核苷酸、多肽和与宿主代谢相关的小分子的相对丰度,基于所述相对丰度,计算得到样本的临界值;以及
c)如果统计学显著相关性建立,则鉴定所述外源性的多核苷酸、多肽或与宿主代谢相关的小分子作为针对所述健康状态的生物标志物,
其中,所述胎儿的所述健康状态为21三体性的常染色体异常,或所述生物样本是从至少100个怀孕女性获得的。
4.根据权利要求3所述的用途,其中所述生物样本是从至少100、200、500或1000个怀孕女性获得的。
5.根据权利要求3所述的用途,其中所述外源性生物体为选自由以下所组成的组:病毒、细菌、真菌和寄生虫。
6.根据权利要求5所述的用途,其中所述生物样本是从至少100、200、500或1000个怀孕女性获得的。
7.一种用于确定人类胎儿的健康状态的系统,其特征在于,所述系统包括:
a)用于评估在来自怀孕女性的生物样本中权利要求1-6任一项所述的生物标志物的同一性和/或水平的测序装置;
b)用于分析所述生物标志物的所述同一性和/或水平的计算机,得到权利要求1-6任一项所述的生物体的生物标志物的相对丰度,基于所述相对丰度,通过计算模块得到样本的临界值;
其中所述健康状态为21三体性的常染色体异常。
8.根据权利要求7所述的系统,其中所述生物样本为选自由以下所组成的组:血清、血液、积液、尿液、骨髓、腹水、盆腔冲洗液、脊髓液、淋巴液、痰、唾液、眼房水、鼻腔提取物、咽喉拭子、生殖道拭子、来自消化组织的细胞悬浮液、和粪便提取物。
9.根据权利要求8所述的系统,其中所述积液为胸腔积液。
10.根据权利要求7所述的系统,其中所述生物样本为粘液。
11.根据权利要求7所述的系统,其中所述生物标志物为多核苷酸。
12.根据权利要求7所述的系统,其中a)包括对来自所述生物样本的无细胞DNA进行纯化。
13.根据权利要求12所述的系统,其中对所述DNA进行扩增。
14.根据权利要求12所述的系统,其中对所述DNA建立文库。
15.根据权利要求12所述的系统,其中对所述DNA进行测序。
16.根据权利要求15所述的系统,其中采用高通量测序对所述DNA进行测序。
17.根据权利要求12-16任一项所述的系统,其中b)包括:将从a)获得的序列与所述生物标志物的序列进行比较。
18.根据权利要求17所述的系统,其中在b)之前,从a)获得的序列中去除与人类基因组序列相匹配的序列。
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