[发明专利]西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记

权利要求书

1.西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记，其特征在于：该标记具有序列表中的SEQ ID NO:1~8的核苷酸碱基序列。

2.西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记方法的获取方法，该标记具有序列表中的SEQ ID NO:1~8的核苷酸碱基序列，该获取方法包括如下步骤：

A、供试材料选取：选取供试材料；

B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1的初步定位：

对所述供试材料进行苗期抗病接种鉴定，得到抗、感池材料；利用集团混合分析法，提取其基因组DNA，构建抗、感DNA池，

对西瓜高密度遗传图谱中的SSR/Indel标记以及根据父母本基因组重测序信息中的差异位点自行设计dCAPS标记进行筛选，获取与目标性状连锁的标记；再对所述的与目标性状连锁标记进行遗传连锁分析，并结合西瓜高密度遗传图谱信息，初步定位目标基因Fon-1区间；

C、候选SNP的获取：利用西瓜全基因重测序结果，对西瓜重测序材料在初步定位基因区间内进行基因组序列比对，获取与西瓜材料表型性状完全符合的候选SNP位点；

D、获得与西瓜抗枯萎病基因Fon-1的紧密连锁的SNP位点，并对所述的候选SNP位点进行验证：针对所述的候选SNP位点分别设计CAPS/dCAPS标记，在验证材料中验证所述的候选SNP位点，获得与西瓜抗枯萎病基因Fon-1的紧密连锁的系列标记。

3.根据权利要求2所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记的获取方法，其特征在于：

步骤B中，用于所述的SSR/Indel/dCAPS标记的引物为：

SSR引物WMG00291为：

上游引物序列：5’-GAAAGTTGACAAGCGATCTCAAAA-3’,

下游引物序列：5’-CCAGACCTTCAATTTTATGTCCAA-3’；

dCAPS引物197728_fon为：

上游引物序列：5’-TTCTCAATTCTCATCTCATCCCATC-3’,

下游引物序列：5’-AAAAAAAAACTGAAACCCAAGAAAG-3’。

步骤B中，用于所述的SSR/Indel/dCAPS标记的PCR扩增反应程序为：

阶段1：94℃预变性5min；阶段2：94℃20s，55℃20s，72℃30s，共循环34次；阶段3：72℃延伸5min；阶段4：4℃保持。

4.根据权利要求2或3所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记的获取方法，其特征在于：

步骤B中，所述的限制内切酶为：Alu I限制内切酶；

步骤B中，所述的标记酶切位点为：AGCT；

步骤B中，所述的酶切反应程序为：

阶段1：37℃酶切12~16h；阶段2：65℃酶变性20min；阶段3：4℃保持。

5.根据权利要求2所述的西瓜枯萎病生理小种1抗性基因紧密连锁的SNP位点及标记，其特征在于：

步骤D中，所述的系列候选SNP位点所在西瓜基因组上碱基位置为：西瓜基因组1号染色体碱基位置为208089、458344、459624和502124的SNP位点；

步骤D中，所述的系列候选SNP位点的碱基突变为：208089位点碱基突变为C→G、458344位点碱基突变为G→A、459624位点碱基突变为C→T、502124位点碱基突变为A→G。