[发明专利]西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记

说明书

技术领域

本发明属于基因序列及其获取方法领域，具体涉及西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记及其获得方法。

背景技术

西瓜属葫芦科黄瓜属（Citrullus lanatus），是一种国内外广泛栽培的重要经济作物。我国西瓜已有千年的种植历史和很高的经济价值，是当今增加农民收入的重要经济作物之一，已成为我国具有国际竞争力和较大经济增长空间的重要园艺作物。据联合国粮农组织统计，我国西瓜年产量占世界的67%，也是全球西瓜人均消费量最大的国家。

西瓜枯萎病是由半知菌亚门镰孢属尖孢镰刀菌西瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.niveurn)寄生引起的一种世界性真菌土传病害，是世界范围内西瓜生产中导致西瓜产量和品质降低的最严重障碍，引起了世界各国的广泛重视。目前，已有文献报道的尖孢镰刀菌西瓜专化型生理小种有4个，0、1、2和3，生理小种3能引起兼抗生理小种0、1和2的野生种质PI296431-FR感病，但在我国尚未有报道，且尚需进一步证实。生理小种1是我国致病力最强、存在范围最广的重要生理小种，尽管国内外国西瓜育种工作者选育了一批抗生理小种1的抗病品种，但传统抗病育种选育效率低问题尚未解决。迄今为止没有一种化学农药可以有效控制枯萎病的发生，生产上主要靠采用的嫁接栽培措施能有效防治。但容易降低西瓜品质，选育抗枯萎病品种是有效控制西瓜枯萎病最安全、经济的途径。因此，开发西瓜抗枯萎病基因连锁标记，将有利于高效改良西瓜的枯萎病抗性，为西瓜抗病分子育种提供技术支撑。

传统育种方式费时费力，需要非常大的群体对枯萎病菌的抗性进行严格筛选。利用与抗病性状紧密连锁的分子标记进行品种初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期。序列比对是基于DNA测序基础上，对已知的基因组序列进行比较，可迅速获得目的性状特有的候选SNP位点。并将结合遗传分离群体分析及自然群体分析，可迅速找到与目的性状紧密连锁的标记用于辅助育种，大大缩短了传统基因定位的时间。

就现有技术而言，获取西瓜枯萎病生理小种1抗性基因紧密连锁SNP位点及标记需要克服的主要缺陷是西瓜枯萎病苗期表型鉴定，西瓜苗期枯萎病表型很难确定，很大程度上受环境以及其它病虫害的影响，表型鉴定结果准确度直接影响着Fon-1基因的定位以及与其紧密连锁分子标记的获取；另外迅速找到与目的性状紧密连锁的标记需要以西瓜基因组信息为依托，需要对枯萎病确定的抗、感性状重测序进行序列比对才能更快速地获得与表型符合的候选SNP位点，最终开发与西瓜枯萎病生理小种1抗性基因Fon-1的紧密连锁标记。

发明内容

本发明的目的是提供西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记及其获得方法。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记，具有序列表中的SEQ ID NO:1~8的核苷酸碱基序列。

序列表中SEQ ID NO:1为引物208089_fon对抗病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:2为引物208089_fon对感病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:3为引物458344_fon对抗病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:4为引物458344_fon对感病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:5为引物459624_fon对抗病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:6为引物459624_fon对感病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:7为引物502124_fon对抗病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

序列表中SEQ ID NO:8为引物502124_fon对感病材料特异性扩增的核苷酸碱基序列；

本发明的目的是通过以下另一技术方案实现的：

所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1连锁的SNP位点及标记的获取方法，该获取方法包括如下步骤：

A、供试材料选取：选取供试材料；

B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1的初步定位：

对所述供试材料进行苗期抗病接种鉴定，得到抗、感池材料；利用集团混合分析法，提取其基因组DNA，构建抗、感DNA池，