[发明专利]核酸和检测转基因水稻B2A68及其衍生系的方法以及试剂盒及其用途

说明书

技术领域

本发明涉及农业生物技术领域，具体地，涉及一种核酸、一种检测转基因水稻的方法、一种试剂盒以及该试剂盒在检测转基因水稻中的应用。

背景技术

水稻（Oryza sativa L.）作为世界上最重要的粮食作物之一，人们对其遗传转化和育种利用等方面进行了深入细致的研究。我国在水稻转基因研究领域取得了一系列重大成果，很多转基因水稻品种已被获准进行环境释放和生产性试验，2009年转Bt基因抗螟虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”获得生产应用安全证书，标志着我国转基因水稻具备了商业化生产的基本条件。为了平衡贸易利益、满足公众关切、控制潜在风险、加强工商监管，许多国家相继建立了转基因生物及其产品的安全评价和标识制度。我国现行对于农业转基因生物的管理依据的是国务院2001年5月23日颁布的《农业转基因生物安全管理条例》，以及农业部2002年1月5日发布的《农业转基因生物安全评价管理办法》、《农业转基因生物进口安全管理办法》和《农业转基因生物标识管理办法》3个配套规章。为了实现对转基因生物及其产品的标识管理，保障转基因产品的有效监管和转基因产业的健康发展，对转基因检测技术的准确度和灵敏度提出了严格要求。

转基因植物中外源基因在染色体上插入位置的旁侧序列是转基因植物品系最重要的分子特征之一，是区别不同转化事件的唯一性标识，是建立转基因植物品系特异性检测方法的重要技术资料。目前已有专利和文献报道了多个作物转基因转化体的检测方法，如：张大兵等（2006）建立了转基因玉米MOM863的品系特异性检测方法；卢长明等（2007）扩增出了转基因油菜Rf1外源插入载体旁侧序列并建立了该转化事件特异性检测方法；谢家建等（2007）利用Tail-PCR、Genome walking和LD-PCR等方法获得了转基因水稻克螟稻、Bt汕优63和科丰6号的外源插入片段的旁侧序列，并建立了品系特异性的检测方法。

利用密码子优化的Cry2Aa^#基因和Bar基因转化水稻，可以获得抗螟虫、抗除草剂水稻（参考专利申请“密码子优化的Cry2Aa基因与重组载体以及改变作物抗性的方法”，专利申请号201210280832.4）。既抗除草剂、又抗螟虫的转基因水稻将在生产上发挥重要作用。本发明的发明人通过密码子优化的Cry2Aa^#基因和Bar基因转化水稻，获得了一个转基因水稻新品系B2A68。然而，由于转化事件具有随机性，所以转基因水稻品系B2A68的外源基因在基因组中插入位置并不清楚、确定。因此，难以实现对转基因水稻品系B2A68的特异性检测。

发明内容

本发明的目的是提供一种核酸及检测含有该核酸的转基因水稻品系的方法。

转基因水稻新品系B2A68已经在文献（杂交水稻,2013,28(1):63-67）中公开，可以通过向中国科学院亚热带农业生态研究所来函索取的方式获得，中国科学院亚热带农业生态研究所保证从本发明的申请日起二十年内向公众发放转基因水稻新品系B2A68。

由于外源基因的随机插入，导致外源基因插入在水稻基因组同一位置的机会几乎没有，所以外源基因序列与水稻基因组序列拼接而成的旁侧序列具有唯一性。因此，旁侧序列的核酸是一种全新的核酸分子，本发明的发明人得到了转基因水稻品系B2A68的旁侧序列的具体序列信息，由此建立的检测方法是检测转基因水稻品系B2A68及其含有该核酸衍生系的特异性方法。

为了实现上述目的，一方面，本发明提供了一种核酸，该核酸为转基因水稻B2A68的旁侧序列所示的核酸，所述转基因水稻B2A68的旁侧序列为SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.1的片段，SEQ ID NO.6或SEQ ID NO.6的片段；其中，SEQ ID NO.1的片段至少包括SEQ ID NO.1的第100-141位的序列，优选至少包括SEQ ID NO.1的第90-151位的序列，更优选至少包括SEQ ID NO.1的第80-161位的序列；SEQ ID NO.6的片段至少包括SEQ ID NO.6的第1520-1561位的序列，优选至少包括SEQ ID NO.6的第1510-1571位的序列，更优选至少包括SEQ ID NO.6的第1500-1581位的序列。

另一方面，本发明还提供了一种检测转基因水稻的方法，该转基因水稻为转基因水稻B2A68或者含有如上所述的核酸的转基因水稻B2A68的衍生系，该方法包括：