[发明专利]慢性牙周炎相关单核苷酸多态性检测用探针和引物、及其试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种慢性牙周炎相关单核苷酸多态性检测用的探针和引物、芯片及试剂盒。

背景技术

慢性牙周炎是牙周疾病中发病率最高的一类疾病，也是难治性牙周疾病之一，临床上具有病程长、诊断治疗复杂、临床治疗效果不一等特点。传统的慢性牙周炎诊断方法主要根据临床体征表现作为依据，通过测定牙周指数、牙槽骨附着丧失程度、牙齿松动度、牙周袋深度等指标，对慢性牙周炎进行诊断、分类和分型，并根据各项指标的严重程度，确定牙周炎的发展阶段，实施不同类别的治疗。此种诊断方法比较直观简单、易于掌握，但由于主要是依据临床体征来诊断，对于早期牙周炎的诊断较为困难，缺乏对牙周炎发病机制的了解，特别是缺乏对个体基因背景在牙周炎发病过程中的作用的了解，无法预测个体牙周炎的进展和预后。

随着人类基因组计划的完成以及HapMap计划和蛋白质组计划的实施，寻找慢性牙周炎这类多基因遗传疾病相关基因的研究在不断发展，定位克隆、定位候选克隆、基因表达谱研究、候选基因分析以及目前基于家系和大规模病例对照的全基因组关联研究等研究也在不断深入，这些研究对于发现慢性牙周炎等复杂疾病关联基因发挥了重要的作用。

各国学者研究发现:人群中存在牙周炎的关联个体，他们常常携带某些牙周炎的关联基因，这些关联基因主要有:IL-6、CSF1、FPR1、CDKN2BAS、TNF-α、VDR等。其致病机理主要是通过调控IL-6、TNF-α蛋白的产生、影响其致损伤作用而影响牙周炎的发生和发展，或提高该基因所在启动子的活性，增加其转录合成;而维生素D受体Bsml、Apall酶切位点所在区域的内在特性通过影响mRNA的稳定性来影响VDR基因的调控，使VDR的数量、增强子对靶部位的亲和力等发生改变，从而促进牙周炎的发生和发展。Denisf等认为:牙周炎是一种多个等位基因(5-8种)共同作用的多因素疾病，单一的基因多态性很难影响疾病的发展，患有该病的个体也不必携带所有的等位基因。然而，以上研究均基于单个基因或少数基因，由于牙周炎是一种由遗传-环境因素相互作用所导致的具有高度异质性和复杂性的多基因遗传性疾病，单个基因研究具有很大的限制性。近年来，已有学者开始致力于研究某几种基因连锁对牙周炎发生、发展的影响。庞若愚曾提出TNF-α的某些等位基因与MHC-Ⅰ或MHC-Ⅱ区的特定单倍体型存在不平衡连锁现象。加大对HLA特定单倍体型的连锁分析，将有助于发现TNFA基因多态性与牙周炎的关系。但是，这些目前的易感基因研究依然缺乏在整体水平上对疾病的分析，也未能对基因-基因、基因-环境的相互作用进行深入探讨。

新近发展起来的以第三代DNA多态位点——单核苷酸多态位点（Single nucleotide polymorphism,SNPs）为标记的基于全基因组的关联研究策略，是一种不基于假设的、无偏倚的、全面筛选新基因的策略，从而克服了以往方法存在的局限性，所利用的多态位点SNPs在基因组中分布广、密度高、易于分型，对于鉴定复杂疾病的关联基因具有巨大的潜力。通过连锁或关联分析定位疾病关联基因后，应用SNPs技术在复杂疾病的早期预测、早期预防、早期诊断和早期治疗方面具有重大应用价值。随着多重PCR-INVADER、MassARRAY MALDI-TOF System和Affymetrix GeneChip等高通量基因型鉴定技术的发展，使得采用数千个甚至几十万个标记位点在全基因组中扫描疾病相关变异成为可能，为在分子水平上研究慢性牙周炎的发生和发展机制开辟了全新的思路。SchimrigkS[12]和Scapoli C[13]等分别通对940个样本的100000个单核苷酸多态性和对198个样本DNA的微卫星巨阵大范围分析基因位点，探索和筛查影响牙周炎进展的关联基因。这种方法节省了大量的人力、物力，也使牙周炎关联基因的广泛筛查成为可能。

国外诸多研究已得出大量的牙周炎与基因多态性相关的阳性结果，但由于群体差异而造成的SNPs频率差异，其中部分表现在牙周炎相关的阳性位点上，提示牙周炎存在人群遗传异质性，在不同群体中可能存在发病机制上的差异。目前在国内，大多数的研究只集中在某一方面（细胞因子，免疫受体，蛋白质，结构分子等等），在数量方面受到很大限制，尚无报告应用SNPs技术来揭示中国人牙周炎与易感基因多态性位点的相关性研究。这种状况提示在中国人群中开展牙周炎关联基因研究（特别是大样本的SNPs研究）及其发病机制研究有着不可替代的意义。