[发明专利]布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性及其检测方法有效
| 申请号： | 201310102404.7 | 申请日： | 2013-03-27 |
| 公开（公告）号： | CN103243094A | 公开（公告）日： | 2013-08-14 |
| 发明（设计）人： | 董雅娟;杨莉 | 申请（专利权）人： | 董雅娟 |
| 主分类号： | C12N15/11 | 分类号： | C12N15/11;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 青岛发思特专利商标代理有限公司 37212 | 代理人： | 耿霞 |
| 地址： | 256300 山*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 布莱凯特黑牛 pdss1 基因 核苷酸 多态性 及其 检测 方法 | ||
1.一种布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列，其特征在于，所述序列是布莱凯特黑牛PDSS1基因第4外显子第122位为A或G的碱基多态性序列。
2.一种布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
以包含PDSS1基因的待测布莱凯特黑牛全基因组DNA序列为模板，以引物对P为引物，PCR扩增布莱凯特黑牛PDSS1基因第4外显子；对PCR产物进行SSCP检测并对基因分型；对基因分型的纯合子测序得到布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列。
3.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述的引物对P为：
上游引物：5’-CGTTTTGTGTAGTTATGCCA-3’
下游引物：5’-TGCTGAAGTTGCTCTCCC-3’ 。
4.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述PCR反应体系为：10×PCR Buffer2μL，25mM的MgCl22μL，2.5mM的dNTP Mixture2μL，10uM的上、下游引物各0.4μL，5U/μL的Taq DNA聚合酶0.2μL，50ng/μL的基因组DNA1μL，ddH2O12μL，总计20μL。
5.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，59℃退火30s，72℃延伸1min，30个循环；72℃延伸10min。
6.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述SSCP检测应用5%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测。
7.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列及检测方法还可以包括对多态性位点基因型频率、等位基因频率和遗传多样性指标的检测。
8.根据权利要求7所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述的遗传多样性指标为杂合度He、有效等位基因数Ne和多态信息含量PIC。
9.根据权利要求2所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列及检测方法还可以包括PDSS1基因第4外显子变异前后对聚十异戊二烯焦磷酸合成酶亚基蛋白质二级结构的分析。
10.根据权利要求9所述的布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，所述蛋白质二级结构的分析采用Garnier-Roboson分析法。
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