[发明专利]布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性及其检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性及其检测，特别涉及一种布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性及其检测方法。

背景技术

布莱凯特黑牛是一种优质肉牛新品种，其牛肉含有丰富的蛋白质，氨基酸组成比猪肉更接近人体需要，能提高机体抗病能力，同时CoQ₁₀含量也相对较高，具有营养心肌、增强抵抗力的功能，是我国肉牛品种中不可多得的优质肉牛新种质，因此如何利用分子生物学技术更加快速高效的培育肉质、营养更加优良的肉牛品种是当务之急。

CoQ是生物有氧呼吸电子传递链中的必要成分，它不仅对于能量产生至关重要，还有其它功能，如活性氧自由基的清除、基因表达的调控及通过调控NAD+/NADH比率来控制细胞的氧化还原态等。而CoQ₁₀除具备以上功能外，还是人体唯一可利用的CoQ类。因此人们对CoQ₁₀的研究也越来越多，且主要集中在微生物转基因工程、发酵工程及人类临床医学方面。研究发现像粟酒裂殖酵母（S.pombe）的聚十异戊二烯焦磷酸合成酶（Decaprenyl diphosphate synthase，DPPS）一样，小鼠mSPS1和mDLP1只有在形成异源四聚体后，才能催化CoQ₁₀侧链的合成，这在人类hDPS1和hDLP1上也同样被证实，且具有专一性，是重要的限速酶。还有研究表明，人体中PDSS1或PDSS2基因的突变，都会引起少见的婴幼儿脏器疾病。对于PDSS1基因，在其催化区的一个隐性点突变，都会引起早发型脑神经病、失聪和网状青斑；对于PDSS2基因，其一个复合杂合子突变也会引发肾病、肌病和一种称作Leigh综合征的激进式神经退行性疾病，除了CoQ₁₀的初级缺乏症，食用CoQ₁₀补充剂对啮齿类动物的神经退行性疾病如肌萎缩性侧索硬化症（ALS）、亨廷顿氏病和帕金森氏病等有显著疗效。还有研究报导，通过对人类PDSS1基因12个外显子的直接测序，发现在第977位（外显子10内）处纯合子T→G的替换导致蛋白质中高度保守的天冬氨酸变为谷氨酸（D308E）。而人类PDSS1基因和COQ2基因的突变，都会引起氧化磷酸化不足。

目前，本实验室正在利用分子遗传标记辅助育种技术对布莱凯黑特黑牛进行改良。前期董懿为等已利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个肉牛群体，结果表明本试验利用微卫星标记分析的4个肉牛群体内和群体间的遗传多样性和亲缘关系是有效的，可为正确评估布莱凯特肉牛新品种遗传多样性的资源价值、制定合理可行的保种方案提供分子水平的遗传学依据，这同时也为今后的分子遗传标记育种实验提供了理论指导。对于CoQ₁₀的研究在其他大型哺乳动物方面还甚少，本研究首次以布莱凯特黑牛为试验对象，研究CoQ₁₀合成过程中关键酶基因PDSS1，目的是对布莱凯特黑牛PDSS1基因的单核苷酸多态性进行检测，并进行群体遗传学分析，为进一步研究该基因与布莱凯特黑牛胴体内CoQ₁₀含量、肉质性状的相关性及基因定位奠定理论基础，从而促进新品种的培育。

单核苷酸多态性（SNP）是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失等变化。单核苷酸多态性具有数量多、分布广和稳定遗传等特点，是一种进行分子遗传育种的优良手段。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法，寻找到与布莱凯特黑牛肉质性状相关的SNP，为其分子标记育种奠定基础。

本发明是通过以下技术方案实现的：

一种布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列，是在布莱凯特黑牛PDSS1基因第4外显子第122位为A或G的碱基多态性序列。

布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性的检测方法包括以下步骤：

以包含PDSS1基因的待测布莱凯特黑牛全基因组DNA序列为模板，以引物对P为引物，PCR扩增布莱凯特黑牛PDSS1基因第4外显子；对PCR产物进行SSCP检测并对基因分型；对基因分型的纯合子测序得到布莱凯特黑牛PDSS1基因单核苷酸多态性序列。

所述的引物对P为：

上游引物：5’-CGTTTTGTGTAGTTATGCCA-3’

下游引物：5’-TGCTGAAGTTGCTCTCCC-3’