[发明专利]通过杂交进行的随机阵列DNA分析

权利要求书

1.一种分析靶核酸的方法，所述方法包括：

(a)将来自第一组可检测标记的寡核苷酸探针的一个或多个探针杂交到连接于表面的靶核酸的随机阵列上；

(b)将来自第二组可检测标记或未标记的寡核苷酸探针的一个或多个探针杂交到靶核酸的所述随机阵列上；

(c)将杂交到所述靶核酸上相邻位置上的所述第一组和第二组的寡核苷酸探针连接；

(d)检测步骤(c)形成的连接的探针；

(e)除去杂交到所述靶核酸的探针；

(f)使用不同的探针组合实施步骤(a)到(e)的连续循环；

(g)鉴定与步骤(d)获得的探针重叠的探针序列；和

(h)由所述重叠的探针序列组装靶核酸的序列数据。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一组探针和第二组探针中的至少一组含有通式为N_xB_yN_z的简并探针的混合物，其中，N代表4种碱基中的任意一种，它因各组探针而改变，B代表4种碱基中的任意一种，但在各组中对于各探针而言相同的，x、y和z是整数。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，x和z独立是0到5的整数，y是4到20的整数。

4.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，第一组中的探针被荧光标记物可检测地标记。

5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，第二组中的探针未被标记。

6.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，一组探针被FRET供体标记，而另一组探针被FRET受体标记。

7.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，在各循环中使用多种颜色的标记物。

8.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，在各循环中使用4种颜色的标记物。

9.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，每个组包含一个通用探针组。

10.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，单个靶核酸的序列被组装成较长的序列。

11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，所述较长的序列是整个基因组的序列。

12.如权利要求1－3中任一项所述的方法，其特征在于，所述随机阵列含有随机排列在光学透明的表面上的几百万个单分子DNA片段。

13.如权利要求12所述的方法，其特征在于，阵列上的DNA片段以每平方微米1至4个分子的浓度排列。

14.如权利要求12所述的方法，其特征在于，阵列上的DNA片段以每CCD像素1个分子的浓度排列。

15.包含下述(a)、(b)和(c)的产品在用于根据权利要求1所述的方法分析靶核酸中的用途，其特征在于，所述产品包括：

(a)连接于表面的靶核酸的随机阵列；

(b)与所述靶核酸杂交的第一组可检测标记的寡核苷酸探针；和

(c)在相邻所述第一组的探针的位置与所述靶核酸杂交的第二组可检测标记或未标记的寡核苷酸探针。

16.如权利要求15所述的用途，其特征在于，来自第一组的探针与杂交到靶核酸相邻位置的来自第二组的探针相连。

17.如权利要求15或16所述的用途，其特征在于，所述第一组探针和第二组探针中的至少一组含有通式为N_xB_yN_z的简并探针的混合物，其中，N代表4种碱基中的任意一种，它因各组探针而改变，B代表4种碱基中的任意一种，但在各组中对于各探针而言相同的，x、y和z是整数。