[发明专利]2b‑RAD混合建库技术有效
申请号: | 201310233439.4 | 申请日: | 2013-06-13 |
公开(公告)号: | CN104232627B | 公开(公告)日: | 2017-05-10 |
发明(设计)人: | 郭钰;原辉;刘勇;方东明;杨巍 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C40B50/06;C40B40/06;C12Q1/68 |
代理公司: | 北京北翔知识产权代理有限公司11285 | 代理人: | 张广育,姜建成 |
地址: | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | rad 混合 技术 | ||
1.2b-RAD混合建库的条码物接头,所述条码物接头由SEQ ID No.1-10分别与SEQ ID No.21-30配对组成,用来进行BsaXI酶切后的建库。
2.2b-RAD混合建库的条码物接头,所述条码物接头由SEQ ID No.11-20分别与SEQ ID No.21-30配对组成,用来进行AlfI酶切后的建库。
3.权利要求1的2-10个条码物接头和通用接头组成的试剂盒,其中所述通用接头为SEQ ID No.31和32配对,所述条码物接头选自SEQ ID No.1-10分别与SEQ ID No.21-30配对组成10个条码物接头。
4.权利要求2的2-10个条码物接头和通用接头组成的试剂盒,其中所述通用接头为SEQ ID No.31和32配对,所述条码物接头选自SEQ ID No.11-20分别与SEQ ID No.21-30配对组成10个条码物接头。
5.一种用于2b-RAD的混合建库方法,所述方法使用权利要求1或2的至少2个条码物接头,包括如下步骤:
1)首先对所述样本的基因组DNA进行酶切,所述酶为BsaXI酶;
2)将所述样本进行分组,每n个样本归为一组,样本数如果不是n的整数倍,则最后不足n个的样本分为一组;建库时,为每组的每个样品选择一个权利要求1的条码物接头,同一组中每个样品的每个条码物接头各不相同,每组样本在加完相应的条码物接头后和通用接头混合为一个样,即n样1库;不足n个的样本在加完条码物接头和所述通用接头后也混合为一个样,其中n选自整数2-10;
3)对上述混合样进行PCR扩增,扩增时对每个混合样使用包括不同索引引物的引物对;
4)将上述扩增产物进行测序;
5)对于测序的下机数据,首先使用所述索引引物中的索引对每个文库进行区分,然后根据所述条码物接头中条码物对每个文库中的每个样本进行区分。
6.一种用于2b-RAD的混合建库方法,所述方法使用权利要求1或2的至少2个条码物接头,包括如下步骤:
1)首先对所述样本的基因组DNA进行酶切,所述酶为AlfI酶;
2)将所述样本进行分组,每n个样本归为一组,样本数如果不是n的整数倍,则最后不足n个的样本分为一组;建库时,为每组的每个样品选择一个权利要求2的条码物接头,同一组中每个样品的每个条码物接头各不相同,每组样本在加完相应的条码物接头后和通用接头混合为一个样,即n样1库;不足n个的样本在加完条码物接头和所述通用接头后也混合为一个样,其中n选自整数2-10;
3)对上述混合样进行PCR扩增,扩增时对每个混合样使用包括不同索引引物的引物对;
4)将上述扩增产物进行测序;
5)对于测序的下机数据,首先使用所述索引引物中的索引对每个文库进行区分,然后根据所述条码物接头中条码物对每个文库中的每个样本进行区分。
7.权利要求5或6的方法,其中步骤2)中的通用接头为SEQ ID No.31和32配对。
8.权利要求5或6的方法,其中步骤4)中测序是Illumina Hiseq平台测序。
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