[发明专利]一种自闭症基因的筛查方法

权利要求书

1.一种自闭症基因的筛查方法，包括制作自闭症基因扫描试剂盒的方法和试剂盒筛查方法：

所述制作自闭症基因扫描试剂盒的方法包括如下步骤：

(1)根据人类基因组HG19，调取如下基因的外显子序列，即自闭症扫描基因列表：

(2)对每个区域中非重复区域设计60bp的探针序列，每个序列沿着基因位置挪动设计，探针之间的挪动大小3bp；

(3)采用原位合成技术，在芯片上大量合成设计的探针，并利用多聚酶链式反应或转录的方法扩增出大量的带有生物术标记的探针，并制作自闭症基因扫描试剂盒；

所述试剂盒筛查方法包括如下步骤：

从病人血液中提取3-5ug DNA，并将其打断，扩增，从而构建病人的全基因组文库，然后利用所述自闭症基因扫描试剂盒将目的基因捕获出来，再采用测序仪进行高通量测序，进而分析，找出这些疾病相关基因的所有突变信息，从而得到找到个体自闭症基因的变异情况，以达到准确基因诊断的目的。

2.根据权利要求1所述的一种自闭症基因的筛查方法，其特征在于：采用测序仪进行高通量测序，分析的过程包括单核苷酸多态性分析过程、所述插入缺失标记分析流程和大片段扩增确实分析流程；

所述单核苷酸多态性分析过程包括如下步骤：

(1)测序仪获取原始短序列；

(2)去除测序数据中的接头和低质量数据；

(3)把短序列定位到人类基因组数据相应的位置上；

(4)统计测序结果信息，短序列数量、目标区域覆盖大小、平均测序深度等；

(5)过滤低质量值和低覆盖度的单核苷酸；

(6)利用CCDS、人类基因组数据库、dbSNP信息对单核苷酸进行注释，确定突变位点发生的基因、坐标、mRNA位点、氨基酸改变、单核苷酸功能、SIFT预测单核苷酸影响蛋白功能预测；

(7)根据疾病样品和正常样品信息，选出疾病样品所共有的而在正常组中不存在的单核苷酸作为候选的单核苷酸，在候选的单核苷酸中去除掉在dbSNP、HAPMAP、1000人类基因组、其他外显子测序项目中出现的单核苷酸。同时，过滤掉SIFT预测对蛋白功能无影响的单核苷酸作为最后疾病相关的候选单核苷酸；

所述插入缺失标记分析过程包括如下步骤

(1)把去除接头序列和低质量的测序数据比对到人类基因组上；

(2)找出序列中所含有的插入/缺失的信息；

(3)利用CCDS、人类基因组数据库、dbSNP信息对InDel进行注释，确定突变位点发生的基因、坐标、mRNA位点、编码区域序列的改变、对氨基酸的影响、InDel功能；

(4)根据疾病样品和正常样品信息，选出疾病样品所共有的而在正常组中不存在的InDel作为候选的InDels，在候选的InDels中去除掉在dbSNP、其他外显子测序项目中出现的InDel，最后筛选出疾病相关的候选InDels；

所述大片段扩增确实分析流程包括如下步骤：

(1)测序仪获取原始短序列；

(2)去除测序数据中的接头和低质量数据；

(3)把短序列定位到人类基因组数据相应的位置上；

(4)统计目标区域覆盖大小，然后根据每个目标区域位点的位置信息为横坐标，每个位置相应的覆盖度为纵坐标作图，得出扩增和缺失的分析图。