[发明专利]一种自闭症基因的筛查方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种基因筛查方法，尤其是一种自闭症基因的筛查方法。

背景技术

自闭症这种疾病被认为是目前世界范围内影响儿童最严重的公共健康问题之一。现在，全球每20分钟就有一个孩子被诊断为自闭症，自闭症患者已达6700万。中国的自闭症患儿也已经超过100万，且患病率逐年上升，未被诊断发现和有自闭症倾向的孩子可能更多。美国国家精神卫生学院保守估计美国自闭症的发病率为每一千人有五至六人。总计男性患自闭症的比率，比女性高三至四倍，但女性发病时病征会较男性严重。联合国发布的数据表明，自闭症的发病率为1/150。病征需要在三岁前出现。自闭症是一种很难及时诊断的终身疾病，如今这种病的基因缺陷已被找到。人类染色体16pl1.2区域重复发生的小片段异常，导致自闭症发病风险急剧增高。属于外显子组CHD8、SNC2A和KATNAL2三个基因是自闭症的关键基因。并发现增加患风险的不是突变基因的规模，而是突变基因的位置。

对于此类智力落后相关的复杂性疾病成因，常常需要进行多方面多因素分析，基因组拷贝数变异(copy number variations，CNVs)就是其中的致病原因之一。基因组拷贝数变异CNVs是指染色体某段区域发生的重复(duplication)或者缺失，它与点突变(point mutation)的区别是前者是基因组某一段区域发生重复或缺失，而后者是基因组某一个位点发生变异。

目前研究发现某些疾病与点突变有关，如很多单基因疾病；而有些疾病与基因组拷贝数的变化有关，比如一些三体综合症、1q21微缺失综合征以及Miller-Dieker综合征等；更多情况下很多复杂性疾病由点突变和拷贝数变异共同组成其致病原因，如孤独症，先天性心脏病等。

基因检测是早期发现孩子患有自闭症的有效手段。目前第一线的遗传诊断方法(染色体核型分析)只能诊断出2，23％的儿童孤独症患者，采用染色体微阵列分析，即以基因芯片技术为基础的基因检测对整个基因组序列进行的检查，使自闭症的基因诊断效率一下提升到7.3％。近些年来，随着测序技术的飞跃式的发展，自闭症的基因诊断已成为近年自闭症研究的热点领域。随着分子生物学的发展，特别是人类基因组计划的顺利实施，人类基因组序列在不断的在被解读和剖析，不断有新的相关基因功能被识别，自闭症的发生发展有了很深入的了解。通过基因诊断，就能早期筛查出患自闭症的婴幼儿，并采取相应的干预措施，这对自闭症治疗是非常有意义的。这一成果开创了将基因捕获测序检测应用于儿童自闭症早期诊断的先河。

发明内容

本发明提供了一种预测性好、准确度高的自闭症基因的筛查方法。

实现本发明目的的一种自闭症基因的筛查方法，包括制作自闭症基因扫描试剂盒的方法和试剂盒筛查方法：

所述制作自闭症基因扫描试剂盒的方法包括如下步骤：

(1)根据人类基因组HG19，调取如下基因的外显子序列，即自闭症扫描基因列表：

此区域包含了所有自闭症基因的基因区域，以及已知各个transcript的启动子区域；

(2)对每个区域中非重复区域设计60bp的探针序列，每个序列沿着基因位置挪动设计，探针之间的挪动大小3bp；

(3)采用原位合成技术，在芯片上大量合成设计的探针，并利用多聚酶链式反应或转录的方法扩增出大量的带有生物术标记的探针，并制作自闭症基因扫描试剂盒；

所述试剂盒筛查方法包括如下步骤：

从病人血液中提取3-5ug DNA，并将其打断，扩增，从而构建病人的全基因组文库，然后利用所述自闭症基因扫描试剂盒将目的基因捕获出来，再采用测序仪(IlluminaHiSeq2000)进行高通量测序，进而分析，找出这些疾病相关基因的所有突变信息，从而得到找到个体自闭症基因的变异情况，以达到准确基因诊断的目的。

采用测序仪(IlluminaHiSeq2000)进行高通量测序，分析的过程包括单核苷酸多态性分析(SNP分析)过程、插入缺失标记分析(InDel分析)流程和大片段扩增确实分析流程；

所述单核苷酸多态性分析(SNP分析)过程包括如下步骤：

(1)测序仪(IlluminaHiSeq2000)获取原始短序列；

(2)去除测序数据中的接头和低质量数据；