[发明专利]用于胃癌的诊断和预后的表观遗传生物标志物ADAMTS9

说明书

背景技术

胃癌(Gastric cancer)，也称为胃癌(stomach cancer)，是世界范围内第四大常见癌症，每年确诊大约1,000,000例。胃癌是一种高死亡率疾病(每年死亡约800,000人)，这使其成为世界范围内继肺癌之后第二常见的癌症死因。胃癌的发病率在男性和发展中国家(包括许多亚洲国家)中明显更高。

胃癌在早期通常没有症状或者仅表现出非特异性的症状，因此在很多情况下，直到疾病发展到晚期才能做出诊断。这导致预后通常较差：在被诊断患有胃癌的个体的80-90%中出现转移，其中在早期被诊断的个体中，六个月存活率为65%，而在晚期被诊断的个体中，六个月存活率不足15%。

由于胃癌的常见性以及其对患者预期寿命的重大影响，需要诊断、监测和治疗胃癌的新方法。本发明满足了这一需要以及其他相关需要。

发明内容

第一方面，本发明提供了在个体中检测胃癌的方法。所述方法包括以下步骤：(a)测定取自所述个体的样品中的ADAMTS9的表达水平，以及(b)将在步骤(a)中获得的表达水平与标准对照进行比较。当检测到ADAMTS9的表达水平与该标准对照相比降低时，表明所述个体可能患有胃癌。通常，在该方法中使用的样品是胃粘膜样品，如包含胃上皮细胞的胃粘膜样品。

在一些实施方案中，ADAMTS9的表达水平是ADAMTS9蛋白水平。在其他实施方案中，ADAMTS9的表达水平是ADAMTS9mRNA水平。当测定ADAMTS9的蛋白水平时，步骤(a)可以包括使用能特异性地结合ADAMTS9蛋白的抗体的免疫测试。例如，可以使用Western印迹分析。在另一些实施方案中，步骤(a)可以包括质谱法，或者基于杂交的测试，如杂交至微阵列、荧光探针或分子信标。

当测定ADAMTS9mRNA水平时，在一些实施方案中，步骤(a)可以包括扩增反应，例如聚合酶链式反应(PCR)，特别是反转录-PCR(RT-PCR)。在另一些实施方案中，该检测步骤可以包括多核苷酸杂交测试，例如Southern印迹分析、Northern印迹分析或者原位杂交测试。例如，可以在多核苷酸杂交测试中使用多核苷酸探针，使其与SEQ ID NO:2、3或4或者其互补序列杂交。在一些实施方案中，所述多核苷酸探针可以包含可检测部分。

在一些实施方案中，当在第一轮上述方法步骤后所述个体被指示患有胃癌时，所要求保护的方法还可以包括：使用来自所述个体的相同类型的样品在一段时间后重复步骤(a)。一段时间后的ADAMTS9的表达水平与初始步骤(a)的表达水平相比升高表明胃癌有改善，而降低则表明胃癌加重。

第二方面，本发明提供了在个体中检测胃癌的其它方法。所述方法包括以下步骤：(a)用能差异性地修饰甲基化的和非甲基化的DNA的试剂处理取自所述个体的样品；以及(b)确定含有CpG的基因组序列中的每个CpG是甲基化的还是非甲基化的，所述含有CpG的基因组序列是SEQ IDNO:1、6或7的至少一个区段并且包含至少一个CpG。当在所述含有CpG的基因组序列中检测到存在一个甲基化的CpG时，表明所述个体可能患有癌症。

在一些实施方案中，所述含有CpG的基因组序列含有两个或者更多个CpG，并且当全部CpG中有至少50%是甲基化的时，表明所述个体患有胃癌。在一些实施方案中，所述含有CpG的基因组序列是SEQ ID NO:1、6或7的至少15、20、50或更多个连续核苷酸的区段。在另一些实施方案中，所述含有CpG的基因组序列是SEQ ID NO:1、6或7。在要求保护的方法的一个实施方案中，所述含有CpG的基因组序列是SEQ ID NO:1，并且当所述含有CpG的基因组序列中的全部CpG中至少有两个是甲基化的时，表明所述个体有可能患有胃癌。在要求保护的方法的一个实施方案中，所述含有CpG的基因组序列是SEQ ID NO:1，并且当所述含有CpG的基因组序列中的全部CpG中至少有13个是甲基化的时，表明所述个体有可能患有胃癌。

在一些实例中，用于要求保护的方法中的样品为胃组织样品。在其他实例中，在要求保护的方法中使用的样品为胃粘膜样品。在一些实例中，所述胃组织样品或者胃粘膜样品是肿瘤样品。

在一些实例中，当在第一轮上述方法步骤后所述个体被表明患有胃癌时，所述方法还包括：使用来自所述个体的相同类型的样品在一段时间后重复步骤(a)和(b)。当检测到一段时间后的甲基化CpG的数量与从初始步骤(b)测定的甲基化CpG的数量相比增加时，表明胃癌加重，而降低则表明胃癌有改善。