[发明专利]一种DNA序列模式的构建方法有效
申请号: | 201310358216.0 | 申请日: | 2013-08-17 |
公开(公告)号: | CN103400056B | 公开(公告)日: | 2017-04-12 |
发明(设计)人: | 倪莉;黄志清;郑蓉;林江宏 | 申请(专利权)人: | 福州大学 |
主分类号: | G06F19/20 | 分类号: | G06F19/20 |
代理公司: | 福州元创专利商标代理有限公司35100 | 代理人: | 蔡学俊 |
地址: | 350108 福建省福州市*** | 国省代码: | 福建;35 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 dna 序列 模式 构建 方法 | ||
1.一种DNA序列模式的构建方法,其特征在于:对于特定的DNA序列,将研究涉及的生物种属或类群所有该DNA序列按照碱基兼并表示规则合并成一条DNA序列模式,这种合并可以在种、属或其它分类单位水平上进行的,也可以是针对特定的生物类群来进行的。
2.根据权利要求1所述的一种DNA序列模式的构建方法,其特征在于:DNA序列模式的构建步骤如下:
步骤1:确定研究涉及的生物种属或类群;
步骤2:根据研究需要选择特定的DNA片段,收集步骤1所述生物种属或类群的相应DNA序列;
步骤3:将步骤2中收集到的DNA序列进行比对,剔除与其它序列明显不一致或错误的DNA序列;
步骤4:根据研究需要在生物种属或类群水平上,将经步骤3剔除后的生物种属或类群的DNA序列按照碱基兼并表示规则合并为一条DNA序列,并进行必要的校对,此即研究涉及的生物种属或类群的DNA序列模式。
3.根据权利要求1或2所述的DNA序列模式的构建方法,其特征在于:所述碱基兼并表示规则为:当某一位点的比对结果:1)只出现a、t、c、g,则参照碱基兼并表输出结果;2)出现空格和a、t、c、g,则一律改成大写字母A、T、C、G;3)出现空格和多个碱基,则一律采用大写的兼并碱基表示;4)出现其它字母,则忽略;5)比对序列中部分序列前端和末端出现的连续缺失不被计成空格;所述碱基兼并表中的表示符合国家知识产权局对于核苷酸序列表示的规定。
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