[发明专利]一种DNA序列模式的构建方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物群体中特定DNA序列的表示方法，特别是一种DNA序列模式的构建方法。

背景技术

基因是指具有遗传效应的DNA片段，不同种类的生物体内存在着不同的基因体系。然而某些基因由于其表达产物承担着重要的生命功能而在生物群体中广泛存在，如细胞色素氧化酶基因和rDNA基因存在于几乎所有的生物细胞当中。此外，这两种基因的部分序列及紧邻的非编码区还具有高度的可变性，不同的生物类群拥有其特定的序列。因此这两种基因相关序列可以作为特定生物类群的标识，目前在生物体的种属鉴定和生物群体结构解析等方面得到了广泛的应用：细胞色素氧化酶基因相关序列正作为生物物种DNA条码的首选片段，rDNA基因相关序列则正作为微生物菌群研究的理想片段。然而同一种生物拥有相同的上述序列只是一种理想情况，事实上即使同一种生物也会存在上述序列的变异（这种变异并不能简单归结于亚种或者变种等），这种情况因不同的生物种属而异，理论上这应该是大多数生物种属的常态。此外，对于群体生物学研究而言，有时候需要在不同生物类群中进行分析和比较，此时需要的是生物类群层面的序列信息而非种属层面。所述这两种情况分别涉及到了序列的多种形式（种内）和多种序列（种间或者类群之间）的情况，此时多条序列的表示方式并不可取，可以采用序列模式进行表征。

发明内容

本发明的目的在于提供一种DNA序列模式的构建方法，该方法构建的DNA序列模式可以直观地展现出所研究生物种属或类群的序列特征，从而有利于生物群体特性的分析和研究。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：一种DNA序列模式的构建方法，对于特定的DNA序列，将研究涉及到的生物种属或类群所有该DNA序列按照碱基兼并表示规则合并成一条DNA序列模式，这种合并可以在种、属或其它分类单位水平上进行的，也可以是针对特定的生物类群来进行的。

在本发明一实施例中，DNA序列模式的构建步骤如下：

步骤1：确定拟构建的DNA序列模式涉及的生物种属或类群；

步骤2：根据研究需要选择特定的DNA片段，收集步骤1所述生物种属或类群的相应DNA序列；

步骤3：将步骤2中收集到的DNA序列进行比对，剔除与其它序列明显不一致或错误的DNA序列；

步骤4：根据研究需要在生物种属或类群水平上，将经步骤3剔除后的生物种属或类群的DNA序列按照碱基兼并表示规则合并为一条DNA序列，并进行必要的校对，此即生物种属或类群的DNA序列模式；

其中，拟构建的DNA序列模式涉及的生物种属或类群可以结合文献报道和前期研究进行确定。

其中，所述碱基兼并表示规则为：当某一位点的比对结果：1）只出现a、t、c、g，则参照碱基兼并表输出结果；2）出现空格和a、t、c、g，则一律改成大写字母A、T、C、G；3）出现空格和多个碱基，则一律采用大写的兼并碱基表示；4）出现其它字母，则忽略；5）比对序列中部分序列前端和末端出现的连续缺失不被计成空格。

其中兼并碱基并不是真实存在的碱基，而是用一个除a、t、c、g四种基本碱基表示外的其它符号代表某一位点可能出现的多碱基情况。

本发明的有益效果是提供了一种所研究生物群体中生物类群特定DNA序列的简便表示方法，即DNA序列模式，从构建的DNA序列模式可以容易地分析出针对所研究生物群体该DNA序列的特征，包括拥有特定的保守区和可变区以及可变区的可变性等，从而为包括引物的评价和设计等方面提供依据，有助于所研究体系中生物群体特性的准确解析。

下面结合附图及具体实施例对本发明作进一步的详细说明。

附图说明

图1是本发明实施例的实施流程图。

具体实施方式

本发明DNA序列模式的构建方法，对于特定的DNA序列，将所研究体系涉及的生物种属或类群所有该DNA序列按照碱基兼并表示规则合并成一条DNA序列模式，这种合并可以在种、属或其它分类单位水平上进行的，也可以是针对特定的生物类群来进行的；生物种属或类群的DNA序列模式就共同构成了所研究体系的DNA序列模式。

根据上述DNA序列模式的构建方法，如图1所示，DNA序列模式的构建步骤具体如下：

步骤1：确定拟构建的DNA序列模式涉及的生物种属或类群；

步骤2：根据研究需要选择特定的DNA片段，收集步骤1所述生物种属或类群的相应DNA序列；

步骤3：将步骤2中收集到的DNA序列进行比对，剔除与其它序列明显不一致或错误的DNA序列；