[发明专利]一种PCR-DGGE\TGGE\SSCP引物筛选方法

权利要求书

1.一种PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物筛选方法，其特征在于：从微生物生态体系的菌群序列特性出发进行PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物筛选，筛选指标包括引物匹配情况及其扩增片段的区分度、平均差异度、平均长度和平均GC含量。

2.根据权利要求1所述的PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物筛选方法，其特征在于：具体步骤如下：

步骤1：确定所研究体系涉及的微生物种属；

步骤2：根据研究需要选择特定的DNA片段，收集步骤1所述微生物种属的该DNA片段并找出现有的靶向该片段的系列PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物对；

步骤3：将步骤2中收集到的微生物种属的DNA序列和各引物对分别进行比对，分析各引物对的匹配情况；

步骤4：对各引物对扩增片段的序列特性进行包括区分度、平均差异度、平均长度和平均GC含量的分析；

步骤5：根据各引物对的匹配情况和其扩增片段的序列特性进行综合分析，筛选最适的引物对。

3.根据权利要求2所述的PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物筛选方法，其特征在于：所述的步骤3和步骤4各引物对匹配情况及其扩增片段的序列特性，匹配情况和区分度是核心评估指标，需要首先保证良好的匹配度和区分度；而平均差异度、平均长度和平均GC含量是辅助评估指标，需要低的平均差异度、短的片段平均长度和低的平均GC含量。

4.根据权利要求2所述的PCR-DGGE/TGGE/SSCP引物筛选方法，其特征在于：所述的步骤5各引物对的匹配情况及其扩增片段序列特性的综合分析将决定其是否适合于所研究微生物体系菌群多样性的解析，最适引物对是通过综合比较各引物对之间指标的优劣来确定的。