[发明专利]检测IDH1、IDH2基因多态突变位点的引物、方法和试剂盒

说明书

   

技术领域

本发明属生命科学和生物技术领域，特别涉及检测IDH1、IDH2基因多态突变热点的引物，采用普通PCR技术，可用于快速检测急性粒细胞白血病（AML）患者体内IDH1、IDH2基因多态位点的突变情况。 

  

背景技术

造血组细胞的获得性遗传和表观遗传学的改变是急性髓系白血病（AML）的发病因素之一，这些变化改变了造血组细胞的生长、增殖和分化的正常机制。AML发病时骨髓原始细胞隐藏着一种或以上的染色体变异，这些变异不仅是AML的诊断标志，更是评价完全缓解率(CR)，复发风险（RR）)及总生存(OS)的指标。然而，国外资料表明，AML的染色体核型异常检出率为60-80%。因此，仍有一大部分AML患者没有发现染色体变异，这组患者所患的疾病为核型正常的AML (CN-AML)，是AML中占比例最多的亚型，按细胞遗传学分析，它们归为预后中等组。 

异柠檬酸脱氢酶(IDH)家族包括以NAD或NADP为辅助因子，催化异柠檬酸的氧化脱酸反应生成α-酮戊二酸的酶类，同时分别生成NADH或NADPH。在哺乳动物细胞中，IDH同工酶有以下三种形式：依赖NAD的线粒体IDH，依赖NADP的线粒体IDH，依赖NADP的胞质IDH。编码依赖NADP的人IDH 1酶的IDH 1基因位于染色体2q33.3，并且定位于细胞质和过氧化物酶体中；编码依赖NADP的线粒体IDH2酶的IDH2基因位于染色体15q26.1。尽管IDH1和IDH2都参与了细胞内氧化损伤的防御机制，但IDH1在脂质的代谢机制中起了重要作用。 

 近年来，更多的研究发现，IDH1和IDH2突变存在于急性髓系白血病（AML）、急性淋巴性白血病（ALL）、骨髓增殖性疾病（MPD）中，在慢性粒细胞白血病(CML)中尚未检测到突变。文献报道IDH 1和IDH2热点突变在CN-AML患者中的发生率分别为5.5-9.6%和3-11%，并认为具有IDH 1和IDH2热点突变的AML患者具有较低的CR，较高的RR和较短的OS。目前对于IDH1和IDH2的检测主要采用全外显子测序的方法，该方法流程繁琐和检测费用高。 

发明内容

本发明的目的是提供一种检测IDH1、IDH2基因多态突变热点的引物，采用PCR技术，可用于快速检测急性粒细胞白血病（AML）患者体内IDH1、IDH2基因多态位点的突变情况。所述检测IDH1、IDH2基因多态热点突变情况的引物，其特征在于，包括： 

(ⅰ) 扩增IDH1基因的引物，其碱基序列为：

IDH1-132-F： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA（SEQ NO1）

IDH1-132-R： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT（SEQ NO2）

 (ⅱ) 扩增IDH2基因的引物，其碱基序列为：

     IDH2-140/172-F： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT（SEQ NO3）

IDH2-140/172-R： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG（SEQ NO4）。

进一步地，还包括测序引物，其碱基序列为： 

(ⅰ) 检测IDH1基因的测序引物碱基序列为：

IDH1-132-F： GATGAGAAGAGGGTTGAGGA（SEQ NO1）

IDH1-132-R： GTTGGAAATTTCTGGGCCAT（SEQ NO2）

 (ⅱ) 检测IDH2基因的测序序列的引物碱基序列为：

     IDH2-140/172-F： CTGTGTTGTTGCTTGGGGTT（SEQ NO3）

IDH2-140/172-R： CAAGAGGATGGCTAGGCGAG（SEQ NO4）。

进一步地，引物序列IDH1-132-F和IDH1-132-R是扩增IDH1基因包含第132位氨基酸序列的引物。 

进一步地，引物序列IDH2-140/172-F和IDH2-140/172-R是扩增扩增IDH2基因包含第140、第172位氨基酸序列的引物。 

本发明还提供了检测IDH1、IDH2基因多态热点突变情况的方法，包括以下步骤： 

1.抽提血液中的组织DNA；

2.用PCR扩增步骤1中提取的DNA；

3.对步骤2中的扩增产物进行测序；

4.对测序结果进行判断，确定IDH1、IDH2基因是否发生突变；

其中PCR扩增引物为：