[发明专利]水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于种子科学与技术应用领域，涉及水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用。

背景技术

水稻（Oryza sativa L.）是世界上最重要的粮食作物之一。由于灌溉和施肥不当往往导致土壤中盐分积累，全球约有30％的水稻耕地受到盐害的影响。盐害已成为影响水稻生产的重要因素之一。

水稻在萌发期、苗期、分蘖期、孕穗期和成熟期等各个生长发育阶段都会发生不同程度的盐害，其中萌发期盐害容易发生在水稻直播田和秧田。尤其，随着经济的发展，水稻直播变得越来越普遍，水稻萌发期耐盐性显得尤为重要。

目前，对水稻耐盐性的QTL定位研究主要集中在苗期和成熟期，对种子萌发期研究尚少。多位学者利用不同RILs、DH、F_2:3等水稻作图群体，已定位了多个贡献率大于20％水稻盐胁迫相关主效QTLs。迄今为止，仅有一个苗期主效QTL SKC1是基于图位克隆方法被克隆。

在种子萌发期，盐分对种子萌发的影响一般归结为渗透效应和离子效应。渗透效应引起溶液渗透势降低而使种子吸水受阻，从而影响种子萌发；离子效应一方面造成直接毒害而抑制种子萌发，另一方面渗入种子，降低种子渗透势，加速吸水而促进萌发。可见，在盐逆境胁迫下，种子萌发性状是一个非常复杂的综合性状。种子萌发性状往往表现在发芽率、苗长、根长、鲜重、干重等诸多方面，是由多基因的控制的数量性状。随着分子标记技术及数量性状基因位点（QTL）分析技术的快速发展，控制种子萌发的QTL在染色体上的位置以及各位点对表型的相对贡献率都能被确定。目前，种子萌发数量性状基因位点分析已在拟南芥、水稻、大豆、莴苣等少数作物上有报道。

发明内容

本发明的目的是提供水稻种子萌发期耐盐性筛选的分子标记方法。通过检测与水稻种子耐盐萌发基因位点连锁的分子标记，可以快速筛选出耐盐水稻品种，提高水稻种子萌发期耐盐性筛选的可靠性、有效性；可以确定有无控制种子萌发期耐盐基因导入到育种品系中，提高水稻耐盐性状的选择效率、加快育种进程。

本发明的目的可通过如下技术方案实现：

水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记，所述的分子标记选自RM13441、P8、RM13443中的任意一种；所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L：SEQ ID NO.1，下游引物为RM13441R：SEQ ID NO.2，扩增产物大小为87bp；所述的分子标记P8上游引物为P8L：SEQ ID NO.3，下游引物为P8R：SEQ ID NO.4，扩增产物大小为252bp；所述的分子标记RM13443上游引物为RM13443L：SEQ ID NO.5，下游引物为RM13443R：SEQ ID NO.6，扩增产物大小为182bp。

本发明所述的分子标记在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。

本发明所述的水稻种子萌发期耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记引物，所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L：SEQ ID NO.1，下游引物为RM13441R：SEQ ID NO.2，扩增产物大小为87bp；所述的分子标记P8上游引物为P8L：SEQ ID NO.3，下游引物为P8R：SEQ ID NO.4，扩增产物大小为252bp；所述的分子标记RM13443上游引物为RM13443L：SEQ ID NO.5，下游引物为RM13443R：SEQ ID NO.6，扩增产物大小为182bp。

本发明所述的分子标记在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。

水稻种子萌发期耐盐性分子筛选方法，步骤如下：

（1）取水稻叶片，提取基因组DNA。

（2）利用表1中的任意1对或1对以上分子标记引物对所述的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺胶上进行电泳检测，如果扩增出对应大小的DNA片段，标志着qGR2增效等位基因存在。

表1

其中，所述的PCR反应体系：体积为25微升，其中10×buffer2.5微升，25mM MgCl₂1.5微升，4pmol/微升引物对2.5微升，2.5mM dNTPs2微升，5单位/微升Taq酶0.2微升，模板DNA20纳克，加水至25微升。反应程序为DNA95℃预变性5min；95℃预变性30s，50℃退火30s，72℃延伸展30s，循环35次；最后72℃延伸10min。