[发明专利]DNA序列的数据分析

权利要求书

1.一种分析方法，包括：

电子接收序列数据；

电子接收一个或多个至少与表达载体相关的参考数据序列，所述一个或多个参考序列数据选自下组：衔接子、引物、和克隆载体；

将所述序列数据与至少一个所述参考数据序列关联而为该至少一个参考数据序列中的每一个参考数据序列确定位置；

响应于该至少一个参考数据序列中每一个参考数据序列的被确定的位置鉴定出转基因侧翼序列；

对基因组搜索该鉴定出的转基因侧翼序列，以确定该转基因的一个或多个插入位点中每一个插入位点的位置；和

当在所述搜索步骤中找到所述一个或多个插入位点中每一个插入位点的被确定的位置时，注释所述基因组和所述一个或多个插入位点，并

提供包括所述注释的注释数据用于进一步分析和/或可视化。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述参考数据还与下列中至少一个相关：左克隆载体、引物、衔接子、和右克隆载体。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述参考数据还与左克隆载体、引物、衔接子、和右克隆载体相关。

4.如权利要求1所述的方法，还包括：

对所述序列数据搜索第一参考数据序列；和

当定位了所述第一参考数据序列时，对所述序列数据搜索第二参考数据序列。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述第二参考数据序列选自下组：表达载体、衔接子、引物、和克隆载体，所述第二参考数据序列的选择独立于所述第一参考数据序列。

6.如权利要求4所述的方法，其中所述第一参考数据序列是表达载体，且所述第二参考数据序列是衔接子。

7.如权利要求4所述的方法，其中所述第一和第二参考数据序列独立地选自下组：引物和衔接子。

8.如权利要求1所述的方法，还包括可视化所述转基因侧翼序列和所述参考数据。

9.如权利要求1所述的方法，还包括可视化所述基因组内的一个或多个插入位点。

10.如权利要求1所述的方法，还包括表征所述插入位点上游和下游的基因组的序列信息。

11.如权利要求10所述的方法，其中表征所述插入位点10千碱基对上游和10千碱基对下游的基因组的序列信息。

12.如权利要求1所述的方法，还包括：

将所述序列数据与一个或多个参考数据序列比对，和

对被比对的序列进行定性分析。

13.如权利要求1所述的方法，还包括：

将所述序列数据与一个或多个参考数据序列比对，和

对被比对的序列进行定量分析。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述基因组是植物基因组的至少一部分。

15.如权利要求1所述的方法，其中将所述序列数据与至少一个所述参考数据序列关联包括使用算法将至少一个所述参考数据序列与所述序列数据匹配。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述算法是LASTZ算法。

17.如权利要求1所述的方法，其中对基因组搜索所述转基因侧翼序列的一个或多个插入位点包括使用算法在所述基因组中定位所述至少一个插入位点上游和下游的序列。

18.如权利要求17所述的方法，其中所述算法是BLAST算法。