[发明专利]DNA序列的数据分析

说明书

提供了用于数据分析的系统和方法。在一实施方案中，提供了一种分析方法，包括：电子接收序列数据；电子接收一个或多个与至少一个表达载体相关的参比数据序列；将所述序列数据与所述参比数据序列中的至少一个关联以鉴定转基因侧翼序列；在基因组中搜索所述转基因侧翼序列的一个或多个插入位点；以及当在所述搜索步骤中找到一个或多个插入位点时，注释所述基因组及该基因组内的所述一个或多个插入位点。

对相关申请的交叉援引

本申请要求2012年2月8日提交的美国临时专利申请流水号61/596,540以及2012年2月21日提交的美国临时专利申请流水号61/601,090的权益。明确将它们的公开内容全部通过提述并入本申请。

公开领域

本申请部分地涉及测序数据的计算机化分析。更具体地，本公开部分地涉及鉴定和分析基因组修饰，例如转基因插入位点的计算机化方法。

公开背景

转基因侧翼序列的鉴定和表征对于含有转基因序列的产品的商品化和注册而言可能是必需的。对于其他类型的活动，如通过EXZACT^TMPrecision Technology牌基因组修饰技术产生的事件的表征而言，转基因侧翼序列的鉴定和表征也可能是重要的。例如，EXZACT^TMPrecision Technology牌基因组修饰技术是一项尖端、多用途而且鲁棒的基因组修饰工具包。它以设计和使用锌指核酸酶(“ZFN”)为基础，锌指核酸酶是能够被设计为结合序列特异性DNA序列的蛋白质。EXZACT^TM牌技术能够用来在生物体的基因组内产生ZFN促使的双链断裂，从而导致转基因在DNA序列中感兴趣的特定座位处的靶向插入。

转基因侧翼序列由基因组整合位点的染色体侧翼区域和整合的转基因组成。转基因侧翼序列可包含由于转基因整合入染色体的特定位置而导致的缺失、倒位、或插入。在转基因DNA、测序中使用的克隆载体、用于分离转基因侧翼区域序列的引物和/或衔接子、已经整合有转基因的染色体序列、以及已通过预料之外的重排而插入到基因组中的其他不相关DNA片段之间，可能存在具有核酸相似性的区域。

多种方法可以用来分离转基因侧翼区域序列。然后可以使用传统的双脱氧测序法、链终止测序法，或通过下一代测序法(Next Generation Sequencing methods)对该转基因侧翼区域序列进行测序。

如Brautigma et al.,2010所述，可以使用DNA序列分析来确定经分离和扩增的片段的核苷酸序列。可以分离经扩增的片段，亚克隆到载体中，并使用链终止法(又称Sanger测序)或染料终止子测序法来加以测序。此外，扩增子可以使用下一代测序法进行测序。NGS技术不需要亚克隆步骤，而且多个测序读段可以在一个反应中完成。市售有三种NGS平台，即来自454Life Sciences/Roche的Genome Sequencer FLX、来自Solexa的IlluminaGenome Analyser，以及Applied Biosystems的SOLiD(寡聚物连接与检测测序(Sequencingby Oligo Ligation and Detection)的首字母连词)。此外，有两种单分子测序方法正在开发中。它们包括来自Helicos Bioscience的真实单分子测序(true Single MoleculeSequencing(tSMS))，和来自Pacific Biosciences的单分子实时测序(Single MoleculeReal Time sequencing(SMRT))。