[发明专利]判定方法、判定装置、判定系统及程序

说明书

技术领域

本发明涉及判定方法、判定装置、判定系统以及程序。

背景技术

近年来，随着微阵列实验、宏阵列实验等的技术发展，能够全面地解析庞大量的基因、蛋白质等。例如，在DNA微阵列中，预先在载玻片等载体上，使数百～数万的DNA排列成矩阵状而作为斑点固定化，通过使从检查对象的细胞提取、标记了的mRNA或cDNA进行杂交，从而可以测定基因表达水平。

即，被标记了的cDNA等被检查物质选择性地结合于载体上的互补DNA，因此取得标记的检测强度，从而可以推定基因表达水平。这里，对于基因表达水平等被检查物质的选择性结合量，虽然要求作为数据的可靠性，但如作为斑点在载体上固定化了的互补DNA等选择结合性物质不均匀且存在斑的情况、在斑点部分附着有污染物的情况等那样，由于非生物学的因素，而有检测强度变化的可能。

因此，以往开发了判定DNA微阵列等中的斑点的均匀性的方法。例如，专利文献1所记载的均匀性评价方法中，(1)对扫描DNA微阵列的单色发光图像而获得的图像应用解析软件，获得与各斑点对应的背景数据，(2)求出与各斑点对应的目标DNA的板板No.和板位置，(3)对于各背景数据对应附加板板No.和板位置，(4)将背景数据按照板No.和板位置的顺序排列而获得数列BG，由数列整体提取部分数列来检测周期性规则。

此外，在专利文献2中公开了，将CV(coefficient of variation：变异系数)的值作为基准，评价偏差。这里，所谓斑点的变异系数(CV)，是指对于DNA微阵列等的斑点，扫描载体上的检测强度来测定时获得的、标准偏差(SD)相对于各斑点的荧光强度的平均值的比例(％)。

此外，在微阵列的解析软件GenePix Pro(Molecular Devices社制)中，将斑点所包含的像素的各强度的值与斑点周围的像素的强度的平均值进行比较，在斑点所包含的像素内，规定比例满足条件“(斑点所包含的各像素的强度)-(斑点周围的像素强度平均值)＜0”的情况下，将该斑点判定为不良(参照非专利文献1)。由此，检测由于某些异常例如污染物附着或芯片污染而使斑点周边的背景变高的情况。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特开2004-340574号公报

专利文献2：日本特开2008-039584号公报

非专利文献

非专利文献1:株式会社インターメディカル，“GenePix Pro 7.0Microarray Image Analysis”，[online]，Copyright 2006InterMedical co.，ltd.，[平成24年3月6日检索]，因特网＜URL：http：//www.intermedical.co.jp/homepage/products/axon/genepixpro7.html＞

发明内容

发明所要解决的课题

然而，在以往方法中的斑点均匀性判定方法中，有不能适当地判定被检查物质的选择性结合量的可靠性这样的问题。

特别是，在专利文献1所记载的均匀性评价方法中，虽然可以评价多个斑点间的均匀性，但有不能评价单一的斑点内的均匀性这样的问题。

此外，专利文献2所记载的采用CV值的评价方法中，在构成斑点的像素群中，在由于污染物的附着等而一部分像素的强度极端高的情况下、极端低的情况下，标准偏差变大，CV值超过阈值，因此有对于一部分像素以外的像素群，尽管可以使用强度数据，但排除该数据而为过度检测这样的问题。

即，一般而言，作为DNA芯片等的斑点的信号强度的代表值，使用了图像中的斑点内的像素群中的中位数(中位值)。例如，在图像中，在直径100μm的圆形斑点进行对位的情况下，求出圆形所包含的约70个(像素尺寸：10μm见方)的像素群中强度的中位数(斑点中位数)。

这是因为，与使用像素群的强度的平均值相比，依赖于离群值而变化的情况少。即，其原因在于，在斑点内的像素群的检测强度中，如果有极端高的值、极端低的值等离群值，则整体平均会被离群值拉走。

这里，图1为显示在2块DNA芯片中使同一被检查物质杂交了的情况下的检测强度的散布图。横轴表示一方的DNA芯片中的各斑点的检测强度，纵轴表示另一方的DNA芯片中的各斑点的检测强度。即，1个点的坐标(X，Y)表示对于固定有同一选择结合性物质的斑点，一方的DNA芯片中测定出的检测强度(X)和另一方的DNA芯片中测定出的检测强度(Y)。