[发明专利]在单个样品上的免疫荧光和基于荧光的核酸分析

权利要求书

1.提供单个生物样品的合成图像的方法，包括以下步骤：

(1)产生所述生物样品的第一图像，包括以下步骤：

a. 使固体载体上的所述样品与靶蛋白的第一结合剂接触；

b. 所述样品用提供形态学信息的荧光标记来染色；

c. 通过荧光检测来自第一结合剂和所述荧光标记的信号；

d. 根据所检测的荧光信号产生所述样品的至少部分的第一图像；和然后

(2)产生所述生物样品的第二图像，包括以下步骤：

a. 使来自步骤(1)的同一样品与至少一种靶核酸序列的每一个的探针接触因此使所述探针与所述靶核酸序列杂交；

b. 任选地，所述样品用所述荧光标记来染色；

c. 通过荧光检测来自所述靶核酸序列的每一个的探针和所述荧光标记的信号；和

d. 根据所检测的荧光信号产生所述样品的至少部分的第二图像；和

(3)产生提供所述靶蛋白和所述靶核酸的相对位置的合成图像。

2.权利要求1的方法，其中所述合成图像的产生包括使用在第一图像的产生和第二图像的产生中所得的信号信息以产生所述合成图像。

3.权利要求1的方法，其中所述合成图像的产生包括登记来自步骤1中所得的荧光标记的信号位置以及来自步骤2中所得的荧光标记的信号位置。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中步骤(1)(d)包括：

(i)根据所检测的荧光信号产生所述样品的至少部分的初始图像；和

(ii)根据所述初始图像选择目标区，和通过荧光检测来自至少第一结合剂和所述荧光标记的信号，以比所述初始图像更高的分辨率产生第一图像。

5.权利要求4的方法，其中通过合并来自更高分辨率图像和第二图像的信号信息而产生所述合成图像。

6.权利要求4-5中任一项的方法，包括登记来自更高分辨率图像中的荧光标记的信号位置以及来自第二图像中的荧光标记的信号位置。

7.前述权利要求中任一项的方法，其中在产生第一图像中的检测步骤或在产生第二图像中的检测步骤进一步包括检测所述生物样品的自发荧光。

8.前述权利要求中任一项的方法，其中所述合成图像的产生包括登记来自步骤1中所得的荧光标记的信号位置以及来自步骤2中所得的荧光标记的信号位置。

9.前述权利要求中任一项的方法，其中产生第一图像的步骤进一步包括：在产生所述样品的图像之前，产生全部固体载体的较低分辨率图像和将所述样品放在所述固体载体上。

10.前述权利要求中任一项的方法，其中产生第一图像和/或产生第二图像包括产生明场型图像，其类似于明场染色。

11.权利要求11的方法，其中所述明场型图像类似于模拟的H&E图像。

12.权利要求11的方法，其中所述明场型图像类似于模拟的DAB图像。

13.权利要求10-12中任一项的方法，其中至少部分地根据来自第一图像的明场型图像的形态学信息而选择目标区。

14.前述权利要求中任一项的方法，进一步包括在接触步骤(1)(a)之前的抗原恢复步骤。

15.前述权利要求中任一项的方法，在步骤(1)(a)中进一步包括第一结合剂与所述靶蛋白的物理结合。

16.前述权利要求中任一项的方法，其中所述结合剂是对所述靶蛋白具有特异性的抗体。

17.权利要求16的方法，其中所述抗体用荧光团标记。

18.前述权利要求中任一项的方法，其中所述靶蛋白选自细胞角蛋白、cyclin D1、cyclin B1、Ki67、ER、AR、PI3K、cMET、EGFR、cMyc、PTEN、MAPK、EGFR和HER2。

19.前述权利要求中任一项的方法，其中在步骤(1)(a)中，使所述样品还与提供额外的形态学信息的至少一种额外的结合剂接触；和在步骤(1)(c)中，还通过荧光检测来自至少一种额外的结合剂的信号。