[发明专利]免疫组库分析中样品污染的检测和定量

权利要求书

1.一种确定待监测微小残留病的患者中遗留污染的方法，所述方法包括以下步骤：

由以下步骤通过定期地测量所述患者的克隆型谱监测患者的微小残留病：

(i)从个体获得包含T细胞和/或B细胞的样品；

(ii)将序列标签附着至T细胞和/或B细胞的T细胞受体基因或免疫球蛋白基因的重组核酸的分子以形成标签-分子缀合物，其中所述标签-分子缀合物的基本上每个分子具有独特序列标签；

(iii)扩增所述标签-分子缀合物；

(iv)测序所述标签-分子缀合物；

(v)从由相似序列标签比对的序列读段确定克隆型，并从此类克隆型生成克隆型谱；以及

记录克隆型谱的每次测量的序列标签的核苷酸序列；以及

由随后克隆型谱中来自任何先前克隆型谱的序列标签的存在、不存在和/或水平确定遗留污染。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述比对步骤还包括通过确定所述相似序列标签的所述克隆型的每个核苷酸位置上的主要核苷酸确定每个所述标签-分子缀合物的每个所述克隆型的核苷酸序列。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述附着步骤包括通过取样标记所述重组核酸分子。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述附着步骤在反应混合物中实施，使得所述序列标签以所述重组核酸分子浓度的至少100倍的浓度存在于所述反应混合物中。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述序列标签掺入进特异于所述重组核酸分子的引物。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述克隆型是编码选自由以下组成的组的免疫受体或免疫受体组分的区段的各25个至400个核苷酸的序列：IgH的VDJ重排、IgH的DJ重排、IgK的VJ重排、IgL的VJ重排、TCRβ的VDJ重排、TCRβ的DJ重排、TCRα的VJ重排、TCRγ的VJ重排、TCRδ的VDJ重排、和TCRδ的VD重排。

7.一种用于确定个体的包含T细胞和/或B细胞的组织样品的克隆型谱中的污染水平的方法，所述方法包括以下步骤：

从个体获得组织样品，所述组织样品包括来自所述个体和可能来自一个或更多个其他个体的核酸，所述核酸包括来自T细胞和/或B细胞的重组核酸以及非重组核酸；

由所述组织样品的核酸生成克隆型谱；

测序来自所述组织样品的核酸的一个或更多个遗传基因座上的遗传标志物以基于根据所述遗传标志物对所述个体和所述一个或更多个其他个体的遗传鉴定获得来自所述一个或更多个其他个体以及来自所述个体的核酸的比例，其中所述遗传标志物出现在存在于所述重组核酸和所述非重组核酸两者的基因座上；以及

确定所述克隆型谱中污染性核酸的水平为来自所述组织样品的核酸中存在的所述一个或更多个其他个体的核酸的比例。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述比例由鉴定所述个体的一个或更多个所述遗传标志物的序列读段和所述一个或更多个其他个体的一个或更多个所述遗传标志物的序列读段的数目来确定。

9.如权利要求7所述的方法，其中对所述个体鉴定遗传基因座上具有最高序列读段数目的所述遗传标志物，且对来自所述一个或更多个其他个体的核酸鉴定各遗传基因座上的剩余遗传标志物。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述污染水平与以下成比例：由基因座上的交叉污染性核酸鉴定的遗传标志物的序列读段的最高数目除以由所述个体的另一个基因座上鉴定的遗传标志物的序列读段的最低数目。

11.如权利要求7所述的方法，所述方法还包括以下的步骤：

测量所述组织样品中所述核酸的总量；

测量所述组织样品中所述重组核酸的总量；

测序所述非重组核酸中存在的以及所述重组核酸中不存在的核酸的可切除区段中的一个或更多个遗传基因座上的遗传标志物以获得来自所述个体和来自所述一个或更多个其他个体的所述非重组核酸的比例；以及

由所述组织样品的所述核酸中污染性重组核酸的水平确定所述克隆型谱中污染性核酸的所述水平，污染性重组核酸的水平由以下来确定：核酸的总量、所述重组核酸的总量、来自所述个体与来自所述一个或更多个其他个体的所述核酸的所述比例，以及所述个体与所述一个或更多个其他个体的所述非重组核酸的比例。